前教育部長吳茂昆學倫爭議不斷，學界盛傳他安插兒子到中研院物理所任職，引發爭議，對此他表示，年輕科學家到物理所任職並無問題，更直說：「不能因為他是吳茂昆的兒子就不聘！」至於院內傳出他將調職到應用科學中心，他則豪氣回應「我的身分可以在任何地方！」

吳茂昆表示，3年前中研院長翁啟惠在任時，他便與翁洽談，其子吳孟真同樣具備物理學術專業，爭取在物理所任職，但父子同在一個研究單位，雖然沒有法條限制，但考量到此舉社會觀感不佳，吳孟真到物理所任職的案子迄今沒有通過。

吳茂昆認為，吳孟真作為青年科學家，擁有美國杜克大學博士學位，曾在美國史丹佛大學從事博士後研究，之後便在美國產業界工作，與中研院物理所有合作，以其資歷來看，爭取到物理所工作並沒有錯，但台灣長期以來社會氛圍，認為父子同在一個學術環境工作恐有爭議，才會導致這件事情一直受到攻擊，「依照個人專業來說，被物理所聘任有什麼不對呢？這對我兒子很不公平！」

至於中研院內傳出吳茂昆將於2月1日調往應用科學中心，吳則強力回擊：「從來沒有談過這件事，連我自己都不知道！」不過他也提到，確實受到院方邀請，計畫協助應用科學中心在南部院區執行相關計畫，但細節尚未定案，強調他的職務與工作安排，一切按照院務需要來走，目前職務依舊是物理所特聘研究員，而中研院物理所更尚未正式聘任吳孟真，「我做事沒有違背我的良心！」

另吳孟真掛名物理所訪問學人，來訪單位空白，吳茂昆則說，個人資料為何要讓大家知道，強調即便其子掛名訪問學人頭銜，沒有領取中研院的薪酬，趁其在台有空暇時，參與物理所相關實驗室的討論，提供意見，不過院方有在辦公室騰出一個空間，讓吳孟真能使用辦公設備及電腦。

中研院物理所回應，吳孟真在物理所擔任訪問學人，為不支薪的訪問研究，且過去吳孟真與物理所同仁即有合作，此次參與該所陳啟東研究員實驗室的討論，並提供意見，訪問學人雖不是正式職稱，但流程都有發公文簽核，並由人事室通過，過程與結果沒有疑義。