《克珠傑傳》中記載說：“克珠傑大師主要修行上師即佛瑜伽，以此在宗喀巴大師示寂後，常時獲得上師宗喀巴見面（或親見或夢中見）。有一次他憶念上師宗喀巴所著教法功德，能使吾人即生獲得金剛大持果位，然而有情大多福薄，貪著此生欲德，不明取捨，觀察到這些誤入迷途的有情，克珠傑心中悲痛，淚如雨下，於是陳設上供，啟白于至尊宗喀巴上師，得見宗喀巴大師乘身飾金鈐諸寶的六牙白象，如生前面貌，來到面前安慰說：“我兒！（弟子從師口生故稱兒）莫悲傷！憶念上師能淨往昔所造惡業，複積廣大福德資糧，我們師徒的事業，甚為妙善！須知至尊彌拉日巴：也因憶念上師，而作出憶師歌詞，應廣弘我之教法。

又有一次，克珠傑因於甚深正見，及生圓二次極細難義，生起疑惑，憶念到如果我的上師宗喀巴現在住世，我當啟問，他供曼遮妙供而祈禱宗喀巴大師，得見宗喀巴大師坐于有很多天神舍托的諸寶莊嚴之金座上，來到面前，吩咐道：“我的顯密兩種道次第，是代表我的遺囑，應以此諸著為主要而閱讀。”複就克珠傑所有對正見及生圓二次生疑之處，詳為解說，並賜以加持灌頂。

又有一時，克珠傑他體會到以宗喀巴大師所著的論著，對於三藏及四部密續經論等旨意，顯示了道的次第數目的決定，符合大車軌諸經掄所顋的準繩；特別是建立了幻化身、光明等甚深密道。這些要道複從嚴守戒律起，直至離戲論之悶，所有方便。完全集收攏來開示了一補特伽羅整個成佛的圓滿道體。能作這樣開示的導師，除我上師宗喀巴而外，印藏地方沒有第二人出現。想到這裡，生起了極大信心、而祈禱于宗喀巴大師，以此得見宗喀巴大師顯現金紅色身，手持利劍及梵篋，頭挽髮髻、眾寶莊嚴的文殊童子相，騎著獅子前來，對他說道：“我兒！不必憂傷！總說起來、有情有各種不同的種姓；特別是現在濺世中，大都不念無常、惡趣諸苦，唯貪戀名利恭敬，及為此生願望而努力，不僅談不上希求後世意義，就是能想念後世將怎樣轉變的人也很少。雖是有一生欲求學正法的人，但都推諉遲延，正準備學法的入，複難遇具足德相的善知識，並對善知識所著的論著，難於通蹺。縱有通曉者，但能舍此世心而勤修教要的人，比晨星還少。我們雖是有祈禱上師本尊，積福懺罪，細省諸經論教義，及閃讀嘉言論著，生起大信，並勤修習，獲得佛位，易如反掌的諸法門，但能如是作者很少！雖是這樣，但如果有少數合法器的有情，應當對彼等作饒益，特別應當弘揚我的密乘諸善說論著，我們當相值遇于未來生。”

又有—時，克珠傑憶念一切智至尊上師宗喀巴，心念我師現住何處？悲淚涕泣，身栗毛豎，虔誠沂禱上師道：“至尊上師金剛持！請觀照愚魯暴行的眾生。師之正教也似乎將快到收攝歸滅的時候，我何時才能到上師座前呀！”當時，宗喀巴上師騎一猛虎而來，現瑜伽師相，身紅色，目大鼻隆，光彩照人，右手執劍舉向天空，左手持顱蓋當胸間，滿儲甘露，有八十大成就者從而圍繞，安慰克珠傑道：“我兒不必憂傷！我放下你，何處也不去，你如想念我時，當閱我的諸著，當知縱使我現在住世，除說這些教言外，依然無他可說，一切有情福德微薄，煩惱粗重。正敦也臨到最後結歸的開始時候，汝仍應發願來此空行刹土。”

過了不久，克珠傑想念現在我歸去為佳，因而陳供金曼遮，向師啟禱，當即見宗喀巴上師坐白雲中，仍如生前二剛來安慰道：“我兒！今當預備速來，我將遣人來迎。”克珠傑複問道：“至尊上師現住何處？我也將到彼處。”宗喀上師說：“總之，我的化身，在兜率，空行刹土，南瞻部洲等處者甚多，現在中國五臺山有一千八百金剛比丘，上午宣說“中觀”及菩提道次第，下午講說密集、勝樂、大威德二種生圓二次第，你當發願來此，不久將相會晤。”克珠傑複啟問道：“如果其他有情啟禱，也能往生彼土，得聞甘露法語否？宗喀巴上師答道：“如果能觀我與至尊妙吉祥無有差別而啟禱，是能獲得攝受，並得生彼刹，但是沒有能夠這樣作的有情。”因此，克珠傑又問道：“至尊上師宗喀巴與至尊文殊攝受之因，當須何種？”得師答道：“不共之因：為心中生起出離心、菩提心、清淨正見三種，並當一心信仰上師即至尊文殊。”又問：“此外應當怎樣作？”答道：“可以建造我及文殊的身像、經卷、塔等；並在上師即文殊不可分離的尊前，虔誠啟禱、讚歎、發願；又必須深信業果，努力四力懺悔。這樣決定得到攝受。”那時，克珠傑發願啟禱道：“上師慧賢名稱前，我今虔誠而啟禱，師等所住刹土中，我願速往求加持。”繼後，當金卻嘉（具誓護法_王）及其侍眷複來說道：“我等堅守閻曼德迦之誓言，為宗喀巴大師之不共護法，奉宗喀大師命，前來迎你。”於是克珠傑在戊午年二月二十一日，坐在噶敦祖寺寶座之上，示現色身厶口空的圓滿寂相。茶毗後，發現很多舍利，特鑄銀塔奉安舍利，供于噶敦祖寺尊勝洲中，以作眾生供養之福田。