之後，堪布受比丘戒並進入由尊貴的依怙主　貝諾法王所創建的，位於南印度的南卓林寺(Namdroling Monastery)雅久寧瑪佛學院(Ngagyur Nyingma University )就讀。雅久寧瑪佛學院(Ngagyur Nyingma University)是一個傳統的佛教僧學院(Shedra)，佛學院同時具備顯宗、密續經典、佛教五明以及宗教史等教育。堪布在南卓林寺雅久寧瑪佛學院完整地完成了九年的佛學院教育，並以第一名的成績畢業；並由尊貴的　貝諾法王認證堪布的佛教哲學博士學位以及教授位階，且在南卓林寺雅久寧瑪佛學院擔任正教授十一年。

在堪布的早期職業生涯中，曾接受過尊貴的　達賴喇嘛、尊貴的　貝諾法王、尊貴的　達龍澤珠法王、尊貴的　晉美朋措法王、尊貴的　賈札法王、Thrulshig Rinpoche、尊貴的　圖絨法王、尊貴的　揚唐仁波切、尊貴的紐修堪　仁波切，以及堪欽貝瑪榭拉仁波切座下，授與了主要的灌頂、經典口傳及教授。

除了在南卓林雅久寧瑪佛學院擔任教職的責任之外，堪布弘法的行腳遍及了尼泊爾、台灣、新加坡、柬埔寨、美國、加拿大及歐洲等地。因此，堪布尼碼敦督仁波切是一位完全奉獻的實修實證者，在他的座下，弟子能幸運地獲得完整的佛教哲學以及實修與實證的教授及指導。