iPhone 6S系列登台開賣，蘋果採用三星、台積電各自代工A9處理器隨機出貨，引發「晶片門」爭議，但若手機功能一切正常運作，果粉恐無法退貨。

滿足市場對iPhone 6S和iPhone 6S Plus的龐大需求，蘋果分別委託三星和台積電兩家廠商代工生產處理器。

然而，因為有網友測試後聲稱，台積電代工的A9處理器手機，比三星代工的A9處理器版本續航時間長2小時，引發市場熱議，讓不少果粉入手iPhone 6S與 6S Plus後就即將開箱驗明正身，更有拿到三星廠牌晶片的果粉大呼想退換貨。

由於台灣沒有Apple Store，iPhone 6S是透過各大電信業者與蘋果授權通路販售，電信業者表示，退換貨規定依據蘋果規定，若手機功能無法執行或有外觀暇疵等，才可退換貨；但晶片處理器的品牌，不在可退換貨的條件內。

蘋果歷經iPhone 4S「天線門」、iPhone 6「折彎門」事件後，iPhone 6S開賣則被「晶片門」爭議籠罩。

蘋果發表的聲明指出，iPhone 6S 及iPhone 6S Plus所使用的A9晶片都是蘋果用最高標準檢視過的，最近很多關於這兩種晶片的測試，是不符合現實的使用情況下所做的，並沒有人會在真實生活中讓手機以 CPU滿載的情況下運行整天。蘋果所做的測試及得到的結果，在正常使用下，兩種晶片所得到的差異只有2至3%。