一）忍者與忍術的產生
忍術的歷史是從６世紀開始的。 當時中國的兵法書《孫子》和佛教一起傳到了日本。 這本被譽為“世界上最古老、最高明”的兵書有一條教誨——“戰爭是危險的，不可濫用，運用智謀才是真正的王者之道”。 由此發展出了各種各樣的忍術。 通常認為最早使用忍者的是蘇我馬子和聖德太子。 馬子派東漢直駒接連暗殺了崇峻天皇和其他對抗蘇我氏的豪族，擴大自己的勢力；而聖德太子據說曾派遣秦的河勝（香具師的祖先）、服部氏族（伊賀忍者的祖先）、大伴細人（甲賀忍者的祖先）等人收集各地的情報。 還有一個對忍術的產生不可缺少的因素就是修驗道的影響。 當時的僧人行基倡導本地垂跡說，宣揚現世佛教。 但是被朝廷認定是邪教而受到迫害。 當時保護了行基的就是修驗道的頭領——役小角和他手下的山伏們。 他們以杖術為基礎，創造出了獨特的山伏兵法，擊退了官兵。 這種杖術後來分化，並各自發展成了劍術和槍術。 隨著時間的推移，空海和最澄從唐國回來，空海在高野山建造了金剛峰寺，開創了全密（真言宗）。 最澄在比叡山建造了延歷寺建立了顯密（天臺宗）。 近畿圈的山伏們分成了兩派，分別守護兩座山。 同一時期，陰陽道的祖師——安部晴明出現。 山伏們又把陰陽道吸收進了山伏兵法，使山伏兵法又得到進一步的加強。 其中以出於鞍馬八流的八幡太郎源義家為代表人物，新羅三郎源義光、藤原純友、源義經、源賴光等，名將輩出。
二）甲賀忍術和甲賀忍者
甲賀的中央有座海拔６６４米的飯道山，自古以來就是天臺宗的三大修行道場之一，這裡有很多修驗者。 他們因為曾在各地雲遊修行，掌握了很多各地的情報，所以這裡也成為了一個情報的交換場所。 因此，這裡的修驗者也就可以與各地的戰國大名們發生聯繫，而且能夠更加早的知道時局的變化。 這些修驗者當中有不少身懷異能的人，其中一些人定居在這裡，形成了甲賀忍者的原形。 甲賀位於近江南部的要地，離京很近，運送的伊勢的貨物又必須經過甲賀的鈴鹿峠，可以說這裡是近畿圏的軍事、經濟的重要據點。 基於自己的家鄉自己守護的想法，後來就產生了被稱為“郡中惣”的自治系統。
三）伊賀忍術和伊賀忍者
伊賀也和甲賀差不多。 在伊賀，有一座行基開設的叫“伊賀四十九院”的寺院。 這裏以供奉著彌勒菩薩的本堂為中心，周圍圍著四十九間山伏房。 這裡從建立開始，就教授給一般平民各種武術（忍術）。 到了平安時代末期，藤原千方、熊阪長范、伊勢三郎義盛，和被稱為"煙幕之末"的異能集團也加入了他們，勢力更盛。 而伊賀流忍術的始祖——服部平左衛門家長也登上了歷史舞臺。 據說服部家長在壇之浦合戦中戰死了。 但也有種說法是他活了下來，並逃回了伊賀，把姓改成了“千賀地”。 不管這中說法是真是假，這個千賀地氏在數代後出了個叫半三保長的，他帶著一族人移居到了京，入仕將軍家足利義晴，並在那裡恢復了服部的姓氏。 本來在伊賀，最有勢力的是服部氏、百地氏和藤林氏，被合稱為伊賀上忍三家。 因為服部氏的離開，百地氏掌握了實權。 但是不久之後就發生了與織田家的大激戰“天正伊賀之亂”，國滅。 而保長在出仕將軍家的第二年，他就離開了義晴，到三河給松平清長工作了。 在這裡生了服部半藏正成。 也就是說，服部半藏正成並不是出生在伊賀的。 這一點可能有很多人會覺得意外吧。
四）甲賀郡中惣與甲賀五十三家
戰國時期的甲賀有一種被稱為“郡中惣”的獨特的合議機制，大小事情都由“郡中惣”來決定。 在１４８７年發生的長享之亂中的鉤之陣中活躍者的住在甲賀的五十三個地侍（鄉士）被稱為甲賀五十三家，其中最重要的被六角家授予感狀的二十一家被稱為甲賀二十一家。
１）鉤之陣和甲賀忍者
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照片中的是鉤之陣時義尚本陣真寶館(永正寺)
鉤之陣發生於１４８７年。 當時以觀音寺為大本營不斷積聚著力量的六角氏無視足利幕府的命令，將軍足利義尚派兵討伐，於是就爆發了同六角家的戰爭。 義尚動員了諸國的大名逼近六角家的居城觀音寺，六角政賴、高賴父子棄城逃往甲賀城。 於是義尚把本陣移到栗太郡·鈎的安養寺，並攻落了甲賀城。 逃出來的六角父子命令手下的甲賀武士在山裏展開遊擊戰。 甲賀武士們利用山裏的地形，不斷的發動各種奇襲，有時候又藉著夜幕的掩護潛入義尚的本陣放火、放煙，給幕府軍吃了不少苦頭。 這場戰爭一直沒分出勝負，到了１４８９年，義尚在陣中去世，前後歷時三年時間的戰爭終於結束，六角家生存了下來。 這一戰，神出鬼沒的遊擊戰和高強的戰鬥力，使甲賀武士之名傳遍全國。 參加了這一戰的甲賀五十三家的地侍們被稱為“甲賀五十三家”，直到甲賀地方被織田信長席捲為止，他們都在六角手下進行諜報工作和戰鬥。
2）甲賀郡中惣
甲賀雖然屬於六角家，但是他們有一個被稱為“惣”的地域連合體，以少數服從多數的原則決定著郡內的大小事務，這在這個時期全國的“裡”當中是非常罕見的。 “惣”有三種——“郡中惣”、“地域連合惣”、“同名中惣”。 各氏族分別屬於不同的“惣”，按事情的大小由相應的“惣”決定，然後大家按統一步調行動。
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照片裡的是甲賀流忍術屋敷(望月出雲守舊宅)
照片中的望月出雲守屋敷遺址(現甲賀流忍術屋敷)位於“龍法師”（地名）。 這個望月氏是信濃望族滋野氏的支流，與伊賀的服部家並稱“甲賀望月、伊賀服部”，是甲賀的大姓。 以“六連錢”為家紋的真田氏也同樣是滋野氏的支流。 真田忍者可能與這個甲賀望月氏有某種關係。
郡中惣
這是由五十三家中選出十家代表，他們的合議決定全郡的行動。 他們沒有身份差異，各家都是平等的。
地域連合惣
二十一家各自分成“柏木三家”、“北山九家”、“南山六家”、“莊內三家”四個區域，各自控制各自區域內的其他五十三家各族，決定各自區域內的事務。
同名中惣
五十三家的各氏族都會選出一個代表者，稱為“同名奉行”。 由本家，分家的同名一族參加，決定本氏族的行動。 本家、分家的發言力幾乎是沒什麼差別。
但是，這些惣的機能也在漸漸的弱化。 即便是團結、善戰的甲賀眾，只要還跟從著如夕陽般沒落的六角家，他們也是沒有能力阻止織田信長的進攻的。 １５６３年１０月，六角義治殺害了重臣後藤賢豐父子，世稱“觀音寺騷動”，六角家變的更加虛弱。 １５６８年９月、在雍立足利義昭進京的織田信長大軍面前，家臣紛紛倒戈，六角父子逃進了甲賀，這樣近江六角氏就事實上滅亡了。 這之後承禎·義治父子也曾利用殘餘的甲賀眾進行了一些抵抗，比如有名的杉穀善住坊暗殺信長未遂事件等，但是到了信長建造起安土城，確立了霸權後，他們就完全從近江消失了。
五）伊賀惣國一揆與天正伊賀之亂
和甲賀一樣，伊賀在戰國時期也有被稱為“伊賀惣國一揆”的自治共和體制，其中心就是“伊賀上忍三家”。
1）伊賀惣國一揆與上忍三家
戰國時期的伊賀，東北部東湯舟鄉有藤林長門守率領的藤林氏，南部與大和國連接的城山和東部的友生村喰代鄉有百地丹波守率領的百地氏，中央的予野還有千賀地服部宗家，他們各自建造了城塞堡壘。 伊賀一直到鎌倉末期，其土地的百分之九十都是大和東大寺的莊園。 也就是說幕府任命的守護大名、地頭只能控制百分之十的土地，所以就形成了伊賀的地侍們不受幕府支配的特異背景。 等到東大寺的勢力衰退後，各莊園的地侍互相侵略，形成了數十個獨立勢力。 在這種狀況下，為了保護家園，各家都必須都擁有自己的情報網，善於收集情報的忍者們自然就在這裏活躍起來。 但是最終成氣候的就是千賀地服部家、藤林、百地氏這三家了。 就這樣，沒有國主，每一族組成一黨，各族一起制定了共同規則，對於重要事情，各黨之間互相傳遞文件，依照不同情況，以聯合簽名等形式來決定。 並且他們從伊賀地侍中選出十二個代表來負責運作這個機制。 這就是伊賀惣國一揆。
2）天正伊賀之亂
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照片中是伊賀上野城
１５８１年９月發生的“天正伊賀之亂”是一場有名的大殺戮。
在這個事件發生的三年前，也就是１５７８年，伊勢的北畠信雄開始在神戶（不是現在大阪附近的那個神戶市）建造丸山城作為攻打伊賀的橋頭堡。 伊賀的地侍·百田藤兵衛等先發製人，搶先發動攻擊，趕走了負責築城的瀧川雄利，放火燒毀了丸山城。 這下本來就在織田家沒什麼大功勞的信雄更加遭到了其他家臣的輕視。 急於報復的信雄在沒有完全準備好的情況下就發動了對伊賀的攻擊。 結果慘敗，在山地戰中遭到了伊賀勢的迎頭痛擊，損失過半。 當時在京的信雄的父親信長得知後，立刻被激怒了。 這就是第一次天正伊賀之亂。
兩年後的１５８１年９月，信長制定了徹底消滅伊賀的戰術。 信長以信雄為總大將，率丹羽長秀、瀧川一益、蒲生氏鄉等六萬大軍（一說三萬餘），兵分六路進攻伊賀。 迎擊的伊賀人馬約九千，因為兵力相差太過懸殊，很快的，四十九院等神社佛閣、城塞都被燒毀。 伊賀人馬幾乎被全滅，百地丹波等退守伊賀南西端的柏原城。 織田軍以三萬大軍包圍了這座小城。 就在大家都認為第二天就能攻下這小城的時候，信長下了道眾人難以置信的命令：“不許強攻，進行和談，讓他們帶著殘兵退去好了，避免流血。”這個是信長自己的想法還是別人促使信長這麼做的，這個問題完全沒人知道。 就這樣，百地丹波逃到了紀州，從此在歷史的表面舞臺上消失了。 這就是被稱為伊賀平定戰的第二次天正伊賀之亂。
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3）迷一樣的人物·百地三太夫
百地三太夫是很多故事、小說中的忍術達人，被描寫成是石川五右衛門的師傅。 一般認為百地三太夫是虛構人物，但是也有資料顯示：“三太夫是百地清右衛門之子，１５７１年出生於伊賀國名張中村，是實際存在過的人物。在天正伊賀之亂以前住在名張龍口，在變亂發生前的不久，搬到喰代之裡的伯父百地丹波那裡。”按這個記錄，天正伊賀之亂時伊賀的首領並不是三太夫，因為他當時只有十歲。 天正伊賀之亂結束後，百地丹波守帶著三太夫和其他一百人左右，離開高野山，來到紀州根來裏定居，百地三太夫從這個時候就從歷史舞臺上消失了，但是沒想到不久後再次以百地丹波的名字出現了。 等到大阪之陣，島原之亂都結束，終於和平來臨的１６４０年，藤堂釆女被任命為伊賀城代家老。 這個藤堂釆女本來的名字叫保田元則，父親是千賀地半藏則直，是服部半藏正成的哥哥。 他招攬隱居在紀州的百地丹波之子·保武為伊賀藩士，讓他繼承了甲賀的名門藤林家。 後來這個藤林保武編寫了被稱為是忍術書最高峰的《萬川集海》。 而他留在紀州的弟弟正武也開創了忍術新楠流，寫了著名的《正忍記》。 也就是說，被稱為“忍術秘傳書的雙璧”的兩本書都是出於百地丹波的兒子之手。 代替被改易的服部家的成為伊賀的城代家老統治伊賀的是半藏的外甥，百地丹波的子復興了藤林家，寫出了《萬川集海》《正忍記》流傳於後世，在九泉下的半藏正成也一定很高興吧。 據說丹波曾一度回到伊賀，但是沒有住下來，而是到天正伊賀之亂的最後一戰的地方——柏原城附近大和國龍口隱居，在此終老。
