努爾哈赤沒有正式打過朝鮮，也談不上滅李氏朝鮮，不過在歷次有明朝作戰時都有朝鮮兵參戰，每次都是潰退，有一次被俘數千人，努爾哈赤把俘虜還給了朝鮮，朝鮮國王還做書道謝，倒是努爾哈赤死後，皇太極為了解決後顧之憂，曾大舉伐朝鮮。
1627年丁卯（明天啟七年，朝鮮仁祖五年，後金天聰元年）正月初八，皇太極以朝鮮“助南朝兵馬侵伐我國”、“窩藏毛文龍”、“招我逃民偷我地方”、“先汗歸天……無一人吊賀”四項罪名，對朝鮮宣戰。他命阿敏、濟爾哈朗、嶽托等人率軍東征，阿敏率領三萬餘騎渡過鴨綠江，攻佔義州，濟爾哈朗則率領大軍進攻毛文龍駐紮的鐵山。毛文龍退居皮島。阿敏認為皮島隔海相望，沒有水師，無法進攻，而義州則被後金輕易攻取，說明朝鮮防禦力量很弱，足以取勝。因此，後金把進攻目標轉為朝。阿敏率領大軍南下，一面放兵四掠，一面以待朝鮮請和。仁祖得到後金大軍南下、定州失守的消息，驚恐萬狀，將後妃送到江華島避難。阿敏部將乘勝前進，先後攻佔安州、平壤，至中和乃停止前進，駐營安紮。此時仁祖也已逃往江華島，並命使臣到後金營中投書求和。雙方經過一個多月的談判，朝鮮迫于後金的軍事壓力，基本上答應了後金提出的入質納貢、去明年號、結盟宣、約為兄弟之國等要求，惟有永絕明朝一條不同意。最後阿敏讓步，向朝鮮表示“不必強要”。三月初三，仁祖率領群臣和後金代表南木太等八大臣在江華島焚書盟誓。雖然阿敏在盟誓上署名了，但是對朝鮮誓文不滿意，便令八旗將士分兵擄掠三日，使朝鮮京畿道海邊一帶“盡成空壤”。隨後後金撤軍到平壤，奉皇太極命令不再後撤，揚言“大同江以西，不可複還”，又逼迫朝鮮簽訂了平壤誓約，在中江、會寧開市、索還後金逃人、追增貢物。這次入侵，在朝鮮歷史上被稱為“丁卯胡亂”或者“丁卯虜亂”。
丁卯胡亂之後，後金和朝鮮的兄弟關係並不和睦。後金軍一退，朝鮮馬上向明朝“疏奏被兵情節”。崇禎帝在答詔中對朝鮮被迫與後金媾和的行為表示諒解，同時表彰朝鮮“君臣大義，皎然日星”。1629年，袁崇煥誘殺桀驁不馴的毛文龍，為朝鮮除去一害，朝鮮致書袁崇煥表示感謝。而在與後金的交往中，朝鮮多次表現出厭惡、不情願的情緒。邊境開市，被朝鮮以邊地殘破、百姓乏食為由一再拖延，定期交納的貢物，朝鮮也找一切機會削減其數額。明朝孔有德自山東叛逃後金，皇太極命朝鮮助以糧餉，朝鮮非但拒絕，而且還幫助明朝追殺。皇太極一度對明朝採取和平攻勢，要朝鮮從中調停，朝鮮看出後金求和之意不誠，加以辭拒雙方關係日益僵化，終於釀成了又一場戰爭。
1636年丙子（明崇禎九年，朝鮮仁祖十四年，後金崇德元年），皇太極正式由汗改稱皇帝，改國號大清，族名滿洲。他事先將此事通報朝鮮，希望朝鮮參與勸進。朝鮮聞訊大嘩，積累近10年的憎惡、羞辱情緒一併迸發。朝鮮臣僚紛紛痛切陳詞，“使彼虜得知我國之所秉守，不可以幹紀亂常之事有所犯焉。則雖以國斃，可以有辭於天下後世也”。在一片慷慨激昂的氣氛下，仁祖拒不接見後金使團，不接受其來書。後金使團憤然離開漢城，沿途百姓“觀者塞路，頑童或擲瓦礫以辱之”。
該年四月，皇太極在瀋陽正式舉行稱帝大典，朝鮮使臣羅德憲、李廓拒不下拜。皇太極非常氣憤，認為這是朝鮮國王有意構怨，決定舉兵再征朝鮮。該年十二月二日，皇太極親自統帥十萬大軍親征朝鮮。清軍渡江後，揚野戰之長，舍堅城而不攻，長驅而南，僅僅十二天便抵達王京城下。京畿之內“上下惶惶，罔知所為，都城士大夫，扶老攜幼，哭聲載路”。仁祖再次將王妃、王子和大臣妻子送往江華島避難，自己則率領文武百官退守南漢山城等待各路勤王軍的到來，同時派出崔鳴吉等人赴清營談判，拖延時間。朝鮮請和書中寫道“朝鮮國王謹上言於大清寬溫仁聖皇帝：小邦獲戾大國，自速兵禍，棲身孤城，危迫朝夕……如念蒙丁卯誓天之約，恤小邦生靈之命，容令小邦改圖自新，則小邦之洗心從事，自今始矣。必欲窮兵，小邦理窮勢極，以死自期而已”云云。皇太極見朝鮮君臣求和之切，毫無鬥志，乃對其迫降，下令清軍包圍南漢山城，伐木列柵，繞城駐守，山城內糧草斷絕，不得不殺馬充饑。各路勤王軍隊也被清軍擊敗，朝鮮君臣只有坐困孤城。仁祖曾經爬到南漢山城的南門，看到城下清軍黑壓壓一片，不禁長歎。清軍在望月峰上升白旗書招降二字，又致書仁祖，令其出城投降。仁祖則複書“重圍未解，帝怒方盛”，所以不能出城請降，“古人有城上拜天子者，蓋以禮有不可廢，而兵威亦可怕也……”。見朝鮮方面還在糾纏於出城投降的細節，不耐煩的皇太極下令用火炮攻城，同時清軍又攻佔了江華島，俘虜王妃、王子、宗室76人，消息傳來，見大勢已去，仁祖只好求和。
1637年正月三十日，仁祖率領群臣出南漢山城，徒步前往漢江東岸的三田浦清營拜見皇太極，伏地請罪。皇太極降旨赦之。雙方築壇盟誓，朝鮮去明年號，繳納明朝所賜誥命敕印，奉清朝正朔，定時貢獻，並送質子二人。此外，朝鮮朝廷中主戰最堅決的洪翼漢、尹集、吳達濟三人被清軍索要，在瀋陽就義，號稱“三學士”。此役為朝鮮歷史上著名的“丙子虜亂”。清朝班師途中順勢攻陷皮島，拔除了明朝在遼東沿海的最後一顆釘子。
丙子虜亂之後，朝鮮成為清朝的附屬國。世子李溰長居瀋陽，另外一質子則由鳳林大君和麟坪大君輪流擔任。同時朝鮮還要歲貢黃金百兩、白銀千兩、白苧布200匹、各色綿細2000匹、各色細麻布400匹、各色細布萬匹、米萬包等等。
具有高度發達的儒家文明、以“小中華”自居的朝鮮淪為落後的山林狩獵民族建立起來清朝的藩屬國，在當時的朝鮮是令君臣黎民都痛心疾首的事情，丙子虜亂對朝鮮社會、文化的衝擊非常大。國王和兩班的權威一落千丈。清朝的征索也加重了朝鮮的負擔。經濟掠奪、政治欺壓、文化差異，使得終朝鮮之世，思明反清的情緒一直都是社會思潮的主流。
丙子虜亂之後，李朝開始了社會恢復時期。在戰爭中遭到破壞的漢城宮室和城防建築得到了修復。在最主要的糧食產地，南方的全羅、慶尚、忠清三道（三南），實行了新的田稅法。同時允許人們納糧贖罪。國防方面，以海防（防日）和北防（防清）為重點，設立了總戍廳和守禦廳。政治方面，以金自點為首的洛黨開始得勢，朝鮮又陷入無休無止的黨爭之中。
明朝滅亡後，李朝王室一直進行各種追思活動。仁祖不忘宮中焚香望闕之禮。時朝鮮君臣認為，“我朝三百年來，服事大明，其情其義，固不暇言。而神宗皇帝（明神宗萬曆皇帝朱翊鈞）再造之恩，自開闢以來，亦未聞於載籍者。宣祖大王所謂義則君臣，恩猶父子，實是真誠痛切語也”。李朝孝宗則以光復大明天下為己任，倡議北伐。他對大臣說：“群臣皆欲予勿治兵，而予固不聽者，天時人事，不知何日是好機會來時。故欲養精兵十萬，愛恤如子，皆為敢死之卒，然後待其有釁，出其不意，直抵關外，則中原義士豪傑，豈無回應者！”
後來因為滿清統治已經鞏固，才不得以作罷。
1704年甲申，明朝滅亡六十周年，李朝肅宗自宜春門詣禁苑壇，乙太牢祭祀崇禎皇帝。又命漢城府在後苑春塘台設“大報壇”，祭祀神宗皇帝。“大報”出於《禮記》郊特牲，是郊天之義，而兼有報德之意。1749年（乾隆十四年）又以明朝太祖、神宗（萬曆）、毅宗（崇禎）並享大報壇，並於三帝即位、忌辰日行望拜禮。這種祭祀活動每年進行，直到李朝末年。
