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在黃遵憲的《日本國志》正式問世之前，中國人對日本的知識幾乎等於零，鴉片戰爭的炮聲震破了中國人的迷夢，有識之士開始睜眼看世界，尋求“制夷”之道，然而眼光所及，主要是歐美列強，對東瀛鄰國並不在意，這種狀況差不多持續到甲午戰爭。
事情巧得令人不安，黃遵憲積多年之功、嘔心瀝血寫成的《日本國志》由於種種原因遲遲未能面世，直到1895年，也就是日本海軍大敗清朝北洋水師、中國與日本簽訂喪權辱國的“馬關條約”那一年才刻成正式出版，這時距離此書完成已有八年之久。據說那一年清廷外交官員袁昶到南京見張之洞，隨身就帶著《日本國志》，並且這樣說：這部書如果早發表的話，可以省去我們對日賠款二萬萬兩銀子呢！梁啓超在《日本國志》後記中也感歎道：“中國人寡知日本者也。黃子公度撰日本國志，梁啓超讀之，欣懌詠歎；黃子乃今知日本、乃今知日本所以強，賴黃子也。又懣憤責黃子曰：乃今知中國、知中國之所以弱，在黃子成書十年久，謙讓不流通，令中國人寡知日本，不鑒、不備、不悚、以至今日也。”從這些話裏，可以體味到一種歷史的沈重感，傲慢迂闊的中國統治者一向以“中華”自居，把別國視作“蠻夷”而不放在眼裏，最後成了不諳世事的井底之蛙。甲午一役，充分暴露了這個致命弱點，其情形，正如黃遵憲在其書自序中言道：“餘觀日本士夫類能談中國之書，考中國之事。而中國士夫好談古義足已自封，於外事不屑措意。無論泰西，即日本與我僅隔一衣帶水，擊柝相聞，朝發可以夕至，亦視之若海外三神山，可望而不可即。若鄒衍之談九州，一似六合之外，荒誕不足議論也者。可不謂狹隘歟！”
毫無疑問，黃遵憲編撰《日本國志》目的並不在日本，而在中國。作爲時代的先覺者與大清朝廷的開明外交官，黃遵憲最早看到了亡國亡種的危機與可能的解救之道。他認定：“中國必變從西法，其變法也，或如日本之自強，或如埃及之被逼，或如印度之受轄，或如波蘭之瓜分，則我不敢知。”他衷心希望的，是中國能像日本那樣通過學習西方達到自強，所以寫這部宣傳介紹日本明治維新的書。既然目的不在日本，而是在中國，衡量日本的尺子，主要也是西方——當然是“西學中源”、“中體西用”前提下的形而下的西方，這兩個“預設”，決定了黃遵憲對日本的解讀帶強烈的急功近利性，而不是把日本當作一個獨立的純粹的研究物件。《日本國志》以介紹政治制度爲主，密切聯繫中國實際，在全書的“凡例”中，作者這樣說明：“檢昨日之曆以用之今日則妄，執古方以藥今病則謬，故傑俊貴識時，不出戶庭而論天下事則浮，坐雲霧而觀人之國則暗，故兵家貴知彼。日本變法以來，革故鼎新，舊日政令百不存一。今所撰錄皆詳今略古，詳近略遠，凡牽涉西法，尤加詳備，期適用也。若夫大八洲之事，三千年之統，欲博其事，詳其人，則有日本諸史在。”這種厚今薄古、爲我所用的論述方式，對於中國讀者尤其是想效法日本在中國實施變法的人來說，無疑有極大的啓發和幫助，然而對於整體地、恰如其分地理解日本民族，闡明日本文化的來龍去脈，則力有不逮。
黃遵憲的日本觀包含這樣一個自我迴圈的邏輯：西學源出中國，日本模仿西方，中國學習日本。在“學術志”中作者認爲：西法立教源於墨子，用法類乎申韓，設官類乎《周禮》，行政類乎《管子》，一切格致之學，散見於周秦諸書，原因是“蓋中土開國最先，數千年前環四海而居者，類皆蠻夷戎狄，鶉居蛾伏，混沌茫昧。而吾中土既聖智輩出，凡所以厚生利用者，固已無不備。其時，儒者能通天、地、人，農夫戍卒能知天文、工執藝事，得與坐而論道者，居六者之一。西人之學，未有能出吾書之範圍者也”。進而主張：“譬之家有秘方，再傳而失於鄰人，久而迹所在，或不憚千金以購還之。”通過考求古制，參取新法，趕超西方列強，再創“內則追三代之隆，外則居萬國之上”的輝煌。這種論述策略，對於一個飽受屈辱、風雨飄搖的“天朝帝國”，無疑是有吸引力的。
黃遵憲是“同文同種”東亞觀的始作俑者，在《人境廬詩草》中，他這樣形容中日兩國的關係：“同在亞細亞，自昔鄰封輯。譬如輔車依，譬如倚角立。所恃各富強，乃能相輔弼，同類爭奮興，外侮日潛匿。解甲歌太平，傳之千萬億。”這同樣體現在《日本國志》的寫作上，抛棄了過去一貫的“天朝上國”妄自尊大、居高臨下的姿態，而是採取平等的立場。這種“同文同種”東亞觀，在當時歷史條件下有積極的內涵，表達了一種美好的願望。然而僅僅“同文同種”是不解決問題的。關於這一點，十多年後革命志士陳天華在《絕命書》裏有透徹的分析：“同盟爲利害之關係相同之故，而不由於同文同種。英不與歐洲同文同種之國同盟，而與不同文同種之日本同盟；日本不與亞洲同文同種之國同盟，而與不同文同種之英國同盟。無他，利害相衝突，則雖同文同種，而亦相仇讎；利害關係相同，則雖不同文同種，而亦相同盟。中國之與日本，利害關係，可謂同矣，然而實力苟不相等，是同盟其名，保護其實也，故今日而欲與日本同盟，是欲作朝鮮也；居今日而欲與日本相離，是欲亡東亞也。惟能分擔保全東亞之義務，則彼不能專握東亞之權利，可斷言也。”
《日本國志》全書洋溢強烈的中國問題意識。它的問世，標誌著中國對日本的態度，由歷來大而化之的怠慢，一變爲急功近利的關注。這種思考問題的方式當然有它的好處，至少可以在某一方面凸現問題的深刻性。然而日本到底是一個怎樣的民族？它有什麽與衆不同的特點？它還是留下很多懸念。
