『島原』本來的藩主,是有馬晴信,一個虔誠的信徒,甚至派過人訪問羅馬教宗。但在岡本大八案中被牽連,冤旺的被處死。他的後任由松倉重政遞補。『天草』本是小西行長的根源地。行長參加石田三成的政變,兵敗被擒,由於信教,不能自裁,被拖去遊街之後,梟首示眾。他的後任由寺澤堅高接替。
松倉、寺澤兩人都不是基督徒,並且由於受了幕府之命,對於崇信天主教的教徒,要勒令改宗,否則嚴辦。而這一區的老百姓,幾乎清一色都是教徒,要全區的人改宗,談何容易,從何下手煞費周章。因為信教的人不怕死,做了殉道者反而可以升天。最後想出來的方法,是課稅,凡是不肯改宗的,就課稅。養一頭牛要上稅,生孩子要上稅,家裡有爐子要上稅,窗戶也上稅,棚架也上稅。在這萬稅之下,老百姓還是不肯改宗,而正巧這時九州地方,連年荒歉,到處機饉,餓莩遍野,民不聊生。小西行長的舊部,在這樣的情形下,忍不住了。他們沒有追隨小西之後而自殺,因為他們也是基督徒,但都是至生死於度外的浪人武士。一天一個老百姓的女兒被捕,官吏把她剝得光光的之後再活活的燒死。老父當場發狂,動手格鬥,於是一鬨而起,釀成了暴動。
說也奇怪,在二十多年前,一位名叫馬可斯的神父,在『天草』(地名)被驅逐出境的時候,對信徒預言道:『將來會有一個十六歲的童男,在此出現。他生有異稟,通曉教義,能顯奇蹟。天上的飛雲,紅的像燒焦了一樣,地上發出聲音。這時每個人的額頭上出現十字,山野裡飄揚著白旗,基督教吞噬了所有的異教,上帝來拯救萬民了。』這段預言,在信徒之中,父以傳子,子以傳孫,流傳了十幾年。他們傻傻的等候這一天的到來。小西的部下這次抓住機會,找出一個十六歲的孩子來舉旗反了,他們推舉這孩子為總大將,取名為天草四郎。總大將之下設有侍(武士)大將、鐵砲(洋槍)大將、軍師、總務等職位,都由小西的舊部充任,儼然是一個有組織的團隊。
在島原城下,他們立了一面白旗,旗上畫了一隻巨大的銀杯,裡面一個圓形的太陽,中間有個十字架,杯子的兩旁,跪著天使一般的人物。在這不倫不類的旗幟下,居然立刻擁集了三千人。島原的城主松艙正治這時到江戶去參加定期朝拜,守城的家臣,不敢進剿,只好關起城門以求自保。鄰近的各藩,受到法度的限制,不能隨便出兵,於是在這擾攘期間本來只集合三千人的叛軍,現在已經增加到兩萬三千餘,鐵砲三千鋌了。
幕府接到告急的報告之後大驚。那時已經有了二十多年的太平,真正作過戰,有經驗的武人十分稀少。於是遴選了一位在大阪之役中,出過力的板倉重昌領兵去討伐。重昌是板倉勝重之子,重宗的弟弟。老板倉曾在京都坐鎮二十年,是家康一為左右手的人物,雖然早於十年前亡故,但他的政績,深為幕府當局所稱道。尤其是他在京都,處理基督徒案件,恩威並施,成為對付教徒的典範。小板倉雖然地位不高,但他到底是武將出身,習於兵旅,同時可以仗乃父的餘威,使得叛徒攝伏。
板倉到達時,原城早已被叛軍攻破佔領。板倉動員了九州各地諸侯的兵丁圍攻原城。在第一回合中,便被守城的老百姓,殺得大敗。第二次的總攻擊,夜裡開始,一度衝到城牆邊,還是被石塊槍彈擊退,死傷無算。各地集合來的部隊,欺板倉官小,不甘受他的節制,在不能齊心合力的狀況下,每次進襲,都被叛軍擊退。板倉心急如焦,這時他又接到幕府的通知,大將松平信綱,已經率領援軍到了京都近郊。他如再打不下原城,而讓一位文臣的松平奪了首功,豈不是顏面盡喪!這時已是寬永十四年的元旦,他於是下令辰時總攻,但是聯合軍的一部,『有馬』,偏偏不聽號令,偷偷的在寅時搶先攻城。如果真能得勝,倒也罷了,不幸敗下陣來,並且驚動了城裡的叛軍,他們發覺幕府方面將大舉來犯時,立刻加緊準備,板倉軍來襲,正好中了他們的埋伏,幾乎全軍覆沒。板倉大怒,命令各路兵丁聯合出擊,居然沒有一個聽他號令的。他率領了少數親兵,依然前衝,守城人大呼:『大將單騎來啦!』一塊巨石向他擲去,正中他的頭盔,又一槍貫穿他的前胸,可憐的板倉,不但沒有能立功,反而喪命於不倫不類的基督旗下,時年五十一歲。
板倉悲壯殉職後四天,松平信綱到了。差不多在同時,去江戶參加定期朝拜的九州各地的藩主也都集合,聽後信綱的調遣,總兵力有十二萬人,將小小的原城團團圍住。
松平信綱是家光手下,最親信的家臣之一,從九歲開始,就當了家光幼年時代的伴侶。家光小時,看見大殿的屋頂上,麻雀做了窩,央求信綱去捉小鳥。但是大殿是個重要的所在,怎麼能准許孩童爬上去玩耍,只好等到夜深人靜時去捉。不料在視線模糊、暗黑之中,信綱失足跌了下來。雖然沒有跌傷,但驚動了將軍與夫人。將軍責問他:『是誰教你去捉雀子的?』信綱知道如果說了實話,家光一定會受罰。他於是答道是他自己想要。將軍知道他撒謊,將他裝進一個口袋裡,繫在柱子上,不招供出來的話,便不准飲食。信綱居然忍受到底,始終不招。將軍無奈釋放了他,卻對夫人說道:『這孩子,將來倒是家光的忠誠家臣!』
家光當了將軍以後,立刻任命他為『伊豆』的太守,補為『老中』(幕府高級幹部),這時奉命出征。他雖然從來沒有打過仗,作過戰,是一位從事案頭筆墨的人,但誰都明白牠是將軍的心腹重臣,沒有人敢不聽他的調度,於是全軍肅然。但是他的戰略,和板倉迥然不同。板倉是武人,免不了要硬碰硬的逞一時之勇,松平卻知道這批叛黨,早就橫了心,不預備再生還,跟死鬥,必然傷亡甚重。於是他想如何軟化他們的敵意。因此他先按兵不動,指令大軍將原城為的水洩不通,並不接戰。他發現在九州的『肥後』的監獄裡,關著天草四郎的一個親戚,連忙把他放了出來,命他帶了一封勸降的文告到原城,詞句寫得十分婉轉,答應叛徒赦免他們的罪行,並且保證他們改善行政上的各種措。城裡的老百姓,一方面由於對藩主們毫無信任,另一方面叛亂以來連戰皆奏,並且殺了幕府的大將,氣焰大增,因此對於勸降文告,不但未生軟化之心,反而認為幕府方面知難而退。
松平見一計不成,又生二計,恰巧這時有一條荷蘭軍艦,停泊在天草附近。松平便請荷艦幫忙,砲轟原城。荷蘭那時剛剛脫離西班牙的統治,艦長又是新教徒,邀他去攻打一個他所痛恨的西班牙舊教徒所培植的黨羽,自然何樂而不為。他慨然允諾,下令他艦上的十五尊炮對準原城發射,一共發出了四百多發砲彈,雖然也毀壞了城牆一角,但沒有能催陷要地,原城依然屹立。松平空歡喜了一場,但是他發現了炸藥的威力,於是挖掘地道埋進炸藥,準備炸毀堅固的牆根,但又被守城人發覺,灌入大量的穢水臭尿,使得藥粉失去效力。
相持兩個多月,城內早已糧盡,在羅掘俱窮的狀況下,城中守軍不能不冒險出來奪糧,可憐他們都已是多日未進食的人,體力自然不支,被幕府軍圍剿後全殲,幕府軍並乘勝追擊,終於城破,兩萬多人全被屠殺,只留下一個臥底的奸細,名叫山田右衛門。這真是一將功成萬骨枯,松平消滅了兩萬多基督徒後,當然又升了官,不過這一次的經驗,使得他親身領略到基督徒的頑強如果縱容他們發展蔓延的話,必然會成為不可制的力量。而若要禁教,就要先禁止洋人入境。這就是幕府當局所得到的結論,而這也導致了後來鎖國政策。