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準噶爾汗國是四衛拉特之一準噶爾部建立的國家，其前身是十五世紀時當時聲勢烜赫，生擒過中國酒肉皇帝朱祁鎮的瓦拉部落。瓦拉自從也先可汗死後，失去領導中心，這個突厥民族的部落分裂為三部：土爾扈特部、準噶爾部、杜爾伯特部──稍後被輝特部取而代之，他們向西遷移到現在的新疆省北部。而另一支蒙古人的和碩特部，也侵入到新疆省北部，跟他們混合。於是，遂被籠統的稱為四衛拉特。衛拉特，即瓦拉的轉音。
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本世紀（十七）二○年代，和碩特部在固始汗率領下，侵入現在的青海省，建立一個龐大的和碩特汗國。土爾扈特部也移向中亞，深入歐洲。新疆省北部的故土上，只剩下準噶爾部跟輝特部。
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本世紀（十七）六○年代，準噶爾汗國──也就是準噶爾部的第二任可汗僧格，被他的兩位哥哥謀殺，由僧格的兒子索諾木阿拉布坦繼位。僧格的弟弟噶爾丹正在西藏當喇嘛，喇嘛教領袖達賴送他回國安定內部。噶爾丹回國後，把兩位哥哥以及侄兒索諾木阿拉布坦一齊殺掉，自己當上可汗。他不久就併吞了回部（新疆省南境），又併吞了青海的和碩特汗國，使他的國土擴張到二百八十萬方公里。
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噶爾丹可汗雄才大略，他的下一個獵物是外蒙古。
外蒙古的喀爾喀部不能團結如故。八○年代一六八七年，土謝圖汗攻殺了札薩克圖汗，把札薩克圖汗美麗的姬妾和大批部眾搶了去。中國清政府派藩屬事務部部長（理藩院尚書）阿拉尼，會同西藏喇嘛教領袖達賴的使節席勒圖，在伯勒齊爾城（甘肅安西），召開和解會議。和解會議並不能使他們和解，反而發生了一件禮儀上的重大糾紛。蒙古地區喇嘛教主教庫倫活佛（哲布尊丹巴胡土克圖。庫倫，今蒙古烏蘭巴托），他是土謝圖汗國的弟弟，在和解會議上，曾經跟達賴的使節席勒圖以平等的身份，同席而坐。噶爾丹可汗得到報告，認為抓住了藉口，於是他義憤填膺的宣稱，庫倫活佛犯了不敬達賴的滔天大罪，必須予以重懲。
和解會議後的次年（一六八八），噶爾丹可汗自前進基地科布多（蒙古科布多）出發，向外蒙古攻擊。喀爾喀的三個汗部大敗，潰不成軍，不得不停止內鬥，緊急會商救亡措施。他們面前只有兩條路，一是歸附俄國，一是歸附中國。這是一項重大的決定，這決定勢將引起數百年甚至數千年的歷史反應。庫倫活佛堅持歸附中國，他說：「俄國不信佛教，穿的衣服也奇形怪狀。中國一片和平景象，又信佛教，穿的衣服看起來好像神仙。而且中國繁華富庶，有用不完的財寶，綢緞錦繡更多，依靠他們，生活一定愉快。」除了這些理由，還有一個更重要的沒有說出來的理由，就是他跟玄燁大帝間的私人友誼最篤。三部可汗一致接受他的意見。
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玄燁大帝一面命三部撤退到內蒙古，發給臨時急賑救濟。一面向噶爾丹可汗呼籲放棄使用武力，退出外蒙古。噶爾丹答應放棄武力，但必須中國先行交出罪犯庫倫活佛，以及土謝圖汗。這是中國無法接受的，噶爾丹遂繼續東進，橫穿外蒙古高原，抵達二千五百公里外的克魯倫河下游。明年（一六九○），大軍更深入內蒙古，直抵距北京只有三百五十公里的烏蘭布通（內蒙克什克騰旗南）。噶爾丹可汗企圖用壓力使中國屈服，他犯了橫挑強鄰的錯誤。
玄燁大帝親自統軍出長城攻擊，皇子允禔擔任先鋒，到達烏蘭布通，發現準噶爾兵團的主力──駝城。駝城是弓箭戰爭時代的產物，把駱駝的四腳綁住，臥倒在地，加上木箱和用水濕透了的毛毯，即成為可以阻止騎兵衝突的堅強堡壘。但如果用來對抗新武器大砲，就太落伍了。允禔用激烈的砲火轟擊，駱駝大半死掉，駝城崩潰，噶爾丹可汗乘夜向西撤退。
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可是噶爾丹已無法擺脫惡運，他的侄兒，即索諾木阿拉布坦的弟弟策妄阿拉布坦，在汗國的首都伊犁（新疆伊寧）宣佈即位，下令通緝弒君篡位的叛逆噶爾丹。噶爾丹撤退到科布多城後，不能再西進。他向俄國求援，願作俄國收復雅克薩城的先鋒。俄國因跟中國剛簽訂了尼布楚條約，所以對噶爾丹的提議，不作回答。
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噶爾丹不是容易屈服的人物，他駐屯科布多整補訓練，五年後的九○年代一六九五年，作最後的衝刺，跟遙遠東方三千公里外，嫩江河畔的內蒙古科爾沁部，祕密結盟，向喀爾喀部（外蒙古）發動夾擊。他希望用閃電戰術一舉消滅喀爾喀部，重新控制內蒙古，建立他的新汗國。當噶爾丹再度進攻，東進二千餘公里，抵達克魯倫河時，中國三路迎擊的大軍早已進入攻擊的位置。次年（一六九六），玄燁大帝親自北上一千公里，到克魯倫河畔的車臣汗牙帳（蒙古溫都爾汗），指揮作戰。噶爾丹望見了中國皇帝的黃龍大旗，才發現被科爾沁部出賣，中了中國的誘敵之計，他急令撤退，用最迅速的方法脫離中國東路和中路兩個兵團，日夜奔馳二百五十公里，到了庫倫（烏蘭巴托）東南三十五公里的昭莫多，正在慶幸終於脫險之際，卻不知道恰恰進入中國西路兵團司令官（撫遠將軍）費楊古的口袋陣地，噶爾丹大敗，他的妻子阿奴皇后，跟她的丈夫一樣的勇敢善戰，她身穿銅盔銅甲，率領精兵突圍，死於巨砲的轟擊之下。
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噶爾丹雖全軍覆沒，仍拒絕投降。他退守科布多，但已不能再組織一支戰鬥部隊。明年，即本世紀（十七）最後第三年（一六九七），他服毒自殺。喀爾喀三汗部仍回外蒙古故地，不過形勢已經不同，外蒙古和噶爾丹轄下的科布多、烏梁海兩地區，面積共一百八十萬方公里的土地，自此納入中國版圖。
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在外蒙古喀爾喀部跟準噶爾汗國的衝突事件上，我們可以看到喇嘛教的影響力量。
喇嘛是西藏語。喇，意思是「上」。嘛，意思是「人」。喇嘛，就是「上人」，就是高僧。蒙古政權被中國逐出長城，吐蕃跟蒙古的聯繫也告斷絕。後來，不知道什麼原因，吐蕃的名字消滅，而被稱為烏斯藏。到了上世紀（十七），又不知道什麼原因，烏斯藏的名字也消滅，而改稱為土伯特。
跟喀爾喀分為三部一樣，土伯特則分為四區：
一、藏（後藏，今西藏西部）
二、衛（前藏，今西藏中部）
三、喀木（也簡稱康，今西藏東部及四川省最西部）
四、青海（青海湖及柴達木盆地，二十世紀二○年代改稱青海省。）
上世紀（十七），四衛拉特之一的蒙古和碩特部領袖固始汗，從天山北路侵入青海（青海省）與喀木（西藏東部及四川省西部）。這時候，達賴、班禪同住在前藏的首府拉薩城，而仍信奉紅教的土王之一的藏巴汗，居住在後藏的首府日喀則城，跟黃教對抗。達賴宗教政府的最高執政官（第巴）桑結，向固始汗請求援助。固始汗接受這個邀請，出兵把藏巴汗殺掉，把原屬於藏巴汗的後藏土地，奉獻給教主。於是達賴仍住拉薩，而班禪則遷到藏巴汗所住的日喀則。固始汗大功告成之後，返回青海，留一個兒子率領蒙古軍隊，駐防拉薩。
上世紀（十七）八○年代一六八二年，達賴五世逝世，最高執政官桑結祕不發喪，仍用達賴的名義，為自己向中國請求封號，清政府不知道內情，就加封桑結為土伯特國王。桑結跟當時準噶爾汗國的噶爾丹可汗，祕密結盟。噶爾丹對庫倫（蒙古烏蘭巴托）活佛的指責和對外蒙古的攻擊，都是桑結出的主意。直到上世紀（十七）九○年代一六九七年，噶爾丹自殺，中國才知道一直是桑結從中搗鬼，向桑結責問達賴何在，並暗示要派遣軍隊去勘察達賴的生死。桑結國王才恐慌起來，急急忙忙找了一位名札陽嘉穆磋的十五歲靈童（這時候達賴五世已死了十五年，所以這個達賴六世必須十五歲，表示他已轉生十五年），宣稱他就是化身，舉行坐床大典。桑結向清政府報告說，他祕不發喪的目的只不過為了安定民心。清政府知道他在胡說八道，但沒有追究。
西藏的政治形態是：三巨頭並立。土伯特國王桑結主持行政，喇嘛教主達賴六世主持宗教，和碩特汗國王子拉藏汗（固始汗的曾孫）主持軍事。西藏三頭馬車制有嚴重的基本衝突，進入本世紀（十八），衝突表面化。
拉藏汗對桑結國王事先沒有徵求他的同意，就確定誰是達賴化身，大不滿意，他說他將抵制到底。桑結認為你這個蒙古酋長竟敢干涉我們西藏內政，簡直莫名其妙，決定把拉藏汗毒死。拉藏汗得到消息，先下手為強，本世紀（十八）○○年代一七○五年，發動突擊，把桑結殺掉，把達賴六世囚禁。中國和準噶爾汗國分別向拉藏汗要求迎接達賴六世，玄燁大帝深恐拉藏汗不買中國的賬，憂慮的說：「他們盲目的崇拜達賴，如果被準噶爾汗國迎接了去，可能發生很大影響。」但拉藏汗顯然願取得中國的友誼，他把達賴六世送往中國，不幸達賴六世卻在途中病故。
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拉藏汗另行尋覓達賴化身，在博克達山（新疆吐魯番北博格多山）找到一個名伊西嘉穆磋的孩子，說他就是靈童，舉行了坐床大典，請中國加封。可是拉藏汗的政治手腕太差，他沒有跟那些高級巫師（拉穆吹忠）搞好，其中一個在喀木（西藏東部及四川省西部）裡塘（四川理塘）地方，找到了一個名格爾桑嘉穆磋的孩子，宣稱他才是真正的靈童。青海和碩特汗國那些蒙古王公（酋長），支持這個新靈童。拉藏汗派軍隊去捉拿格爾桑嘉穆磋，老爹早抱著孩子逃到青海去了，他向中國申訴，也請求加封。於是出現真假達賴的爭執，互相指責對方是假，而自稱是真。
準噶爾可汗策妄阿拉布坦，跟拉藏汗有親上加親的婚姻關係。策妄阿拉布坦是拉藏汗的姊夫，而策妄阿拉布坦的女兒又嫁給拉藏汗的兒子丹衷，小夫婦一直住在伊犁（新疆伊寧）策妄阿拉布坦的王宮。
然而，國家的利益超過一切，策妄阿拉布坦渴望征服西藏，拉藏汗拒絕把達賴六世送給他，使他對自己的陰謀詭計，更不受良心責備。本世紀（十八）一○年代一七一六年，策妄阿拉布坦組織一支八千人的遠征軍，命他的大將大策零率領，奇襲拉藏汗。這是世界上最勇敢、最困難和時間最長的一次閃電突擊。從伊犁到拉薩，航空距離一千九百公里，要越過六千公尺的天山──比阿爾卑斯山還高兩千公尺，繞過五百公里縱深的塔克拉瑪干沙漠，還要攀登七千公尺的崑崙山，才能爬上世界屋頂的西藏國境，然後又要在一千二百公里不見人煙的冰天雪谷中祕密行軍。
大策零這支遠征軍自一○年代一七一六年十月出發，白天潛伏，夜間前進，十個月後，於次年（一七一七）七月，神不知鬼不覺的接近西藏首都拉薩。拉薩附近人煙稠密，既不能殺絕，又無法躲避，大策零對那些驚愕的藏民說，他們是送丹衷夫婦回國省親的衛隊。拉藏汗老了，中國方面一再警告他防備準噶爾汗國的突擊，拉藏汗認為這是最幼稚的挑撥離間的手法。現在準噶爾遠征軍從天而降，攻陷拉藏汗所住的布達拉宮，把拉藏汗殺掉。為了斬草除根，策妄阿拉布坦下令把女婿丹衷也殺掉。西藏於是併入準噶爾汗國版圖，策妄阿拉布坦完成了他父親、叔父、祖父們的偉大心願。
策妄阿拉布坦在戰略上獲得成功，但在政略上他犯了錯誤，他沒有估計到中國對這件事的關切和反應，中國在接到拉薩陷落的報告後，決定用武力干涉。次年（一七一八），清政府正式承認逃到青海的格爾桑嘉穆磋為達賴七世，派遣軍隊送回西藏。但進入西藏後，在喀剌烏蘇河（怒江上游），被大策零擊敗。
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中國當然不會罷休，兩年後（一七二○），清政府派出第二次遠征軍，分三路進攻。駐在外蒙古科布多和巴里坤（新疆巴里坤）的兩個兵團，直接攻擊天山北路準噶爾汗國本土，使它不能向西藏增援。東路軍總司令（定西將軍）噶爾弼則由打箭爐（四川康定）西進，北路軍總司令（平逆將軍）延信，由西寧（青海西寧）穿過唐古拉山（今青海與西藏分界）南下。大策零戰敗，不得不放棄佔領了四年的別人的國土，由原道向國內撤退，但他們已沒有來時候旺盛的士氣，沿途死傷相繼，生還到伊犁（新疆伊寧）的不到一半。
中國遠征軍進入拉薩，撤銷一切國王和一切可汗的稱號，又撤銷土伯特國號，改稱西藏。任命故拉藏汗的一位僚屬康濟乃，當前藏最高執政官（固山貝子，噶布倫），另一位僚屬頗羅乃，當後藏最高執政官（台吉，噶布倫）。把喀木（四川省西部及西藏東部）巴塘（四川巴塘）以東，劃給四川省。
面積一百六十萬方公里的西藏──包括藏、衛、康，併入中國。
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西藏併入中國後，青海起而反抗中國。青海本是土伯特王國四個地區之一，但它在上世紀（十七）初葉，就被蒙古人的和碩特部侵入，所以在青海廣大的高原上，蒙古民族跟西藏民族同樣的多。不過他們都是信奉同一喇嘛的虔誠教徒，因此蒙藏之間的感情，十分融洽。
和碩特汗國最偉大的領袖固始汗，進入青海後，很快的就征服了全部土伯特王國。固始汗的後裔分為兩支，一支在前藏，一支在青海。在前藏的一支，因拉藏汗被殺而結束。在青海的一支，由他的兒子鄂齊圖汗繼承，於上世紀（十七）被突厥族的噶爾丹可汗擊敗併吞。噶爾丹敗亡後，青海脫離準噶爾汗國的控制，成為無政府狀態，各個部落獨立為政，亂糟糟的群龍無首。中國政府遂找到固始汗的另一個兒子札什巴圖，封他為藩王，作青海各部落的領袖，以對抗西方準噶爾汗國的壓力。
札什巴圖逝世後，王位由他的兒子羅卜藏丹津繼承。本世紀（十八）二○年代中國進攻西藏時，羅卜藏丹津也率領他的蒙古兵團從征。這一次遠行，使他看到和碩特汗國昔日的光榮，激起他萬丈豪情，決心恢復祖父固始汗轟轟烈烈的霸業。於是他轉而把朋友中國當作仇敵，而把仇敵準噶爾汗國當作朋友。
西藏併入中國後的第三年（一七二三），羅卜藏丹津號召青海的蒙古人各部落酋長，取消中國清政府所封的「王爵」「公爵」的稱號，脫離中國的宗主關係。大多數蒙古部落和喇嘛教的重要寺院，都起而響應。清政府派駐在西寧城負責處理邊疆事務的副部長（侍郎）常壽，被羅卜藏丹津誘到大營中囚禁，集結兵力二十餘萬人，進攻西寧。雖然沒有把西寧攻下，但中國通往西藏的道路卻被切斷，沿邊震動。
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──羅卜藏丹津實在沒有跟中國決裂的必要，事實上青海始終是獨立的。中國除了把「可汗」「酋長」稱謂改為「王」「公」外，從不干涉他們的內政。準噶爾汗國並不比中國好，它曾征服過青海，消滅過和碩特汗國，把蒙古人和西藏人置於統治之下。至少它不可能幫助羅卜藏丹津奪取西藏，它如果有這種力量，它自己會奪取。羅卜藏丹津沒有考慮到這些，也許考慮到了而認為並不如此。
中國的反應強烈而迅速，清政府任命年羹堯當總司令（撫遠大將軍），岳鍾琪當副總司令兼前敵總指揮（襄贊軍務，奮威將軍）。次年（一七二四）二月，岳鍾琪率五千人的騎兵，發動突襲。從西寧城向西急行軍十二日，於第十三日的黎明，在荒原上捕捉到羅卜藏丹津的主力。羅卜藏丹津的部隊從夢中驚醒，但戰馬都沒有備鞍，無法迎戰，霎時間全軍崩潰，四散逃命，羅卜藏丹津急換上女人的衣服溜掉，投奔準噶爾汗國。
岳鍾琪窮追不捨，每天奔馳一百五十公里，兩天後，追到一個稱為桑駱海（青海省西南角）的地方，只見紅柳蔽天，渺無人跡，才帶著他的俘虜，包括羅卜藏丹津的母親在內，凱旋而回。岳鍾琪自出發到大獲全勝，只用了十五天時間，就把面積約六十萬方公里的青海土地，完全征服，納入中國版圖。這是中國戰史上最有名的一役，跟大策零突襲西藏之役媲美。
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我們可以察覺到一個現象，無論在外蒙古、西藏、青海，中國處處都遇到準噶爾汗國的強大力量。準噶爾汗國迫不及待的向外侵略，心情急躁而手段激烈，但他們恰恰遇到第三個黃金時代的中國，所以每一次都引起中國激烈的回報，不斷從他們口中奪出已吞下咽喉的大片領土。
準噶爾汗國一連串大有作為的君主，對這種挫敗，有無限的憤怒，遂使中、準兩國邊界地帶的衝突，沒有寧日。中國顯然沒有力量摧毀他們，所以只是一味盼望和平共存，相安無事。在征服青海之後，就向準噶爾汗國建議重新劃定邊界。為了表示誠意，清政府特地把駐屯在哈密（新疆哈密）和科布多（蒙古科布多）的兩個兵團撤回。但策妄阿拉布坦可汗對和解沒有興趣，他仍希望至少取得西藏，談判沒有成功。二○年代一七二七年，策妄阿拉布坦逝世，兒子策零嗣位，他比他父親更有才幹和雄心，當中國要求把和碩特汗國流亡可汗羅卜藏丹津交出來時，策零拒絕，並且用一種在中國皇帝看來十分不禮貌的語句，通知中國皇帝胤禛（玄燁大帝的兒子）說，他父親策妄阿拉布坦已經升天成佛，他自己的責任是使喇嘛教弘揚於世界，世界人類都因他而獲得安寧。這些話使他顯得比胤禛還要偉大，胤禛大為光火。
二○年代最後一年一七二九年，胤禛組成遠征軍，任命傅爾丹當總司令（靖邊大將軍），岳鍾琪當副總司令（寧遠大將軍）。三○年代第一年一七三○年，傅爾丹興築科布多城堡，作為永久性的軍事基地。第二年（一七三一），他得到非常生動的情報說，準噶爾汗國發生內亂，羅卜藏丹津率領他的殘餘部下打算投奔中國，被策零可汗發覺，發生戰鬥。傅爾丹大喜，即發動攻擊。可是，他的前鋒四千人挺進到科布多西方二百公里和通淖爾時，忽然胡笳四起，伏兵殺出，傅爾丹親率主力前往救援，於是連主力也陷進重圍。結果全軍覆沒，僅傅爾丹跟他的少數侍衛，狼狽逃回。岳鍾琪在烏魯木齊迅速發動進攻，已不能發生牽制的作用。策零可汗命他的得力將領大策零、小策零，乘勝向東推進，深入外蒙古腹地，幸而被外蒙古土謝圖汗部所屬的三音諾顏部（牙帳在今蒙古海爾汗杜蘭城）酋長策凌郡王擊滅（策零、策凌、大策零、小策零，使人混淆不清，大概那時候漠北部落很流行這種發音的名字）。清政府立即把策凌郡王擢升為親王，命他的三音諾顏部脫離土謝圖汗部，成為獨立的一汗部。本來只有三個汗部的外蒙古，到現在分成了四個汗部，而喀爾喀部的總名詞也被外蒙古取而代之。明年（一七三二），策零可汗再度攻入外蒙古，策凌親王率三萬蒙古兵團迎戰，策零可汗大敗，策凌親王追擊到光顯寺（額爾德尼召，即哈爾和林──蒙古帝國的古都和林）附近，切斷準噶爾兵團的退路，血戰兩天，準噶爾兵團崩潰，一半戰死，一半被擠到水裡淹死，策零可汗只跟少數衛士突出重圍。
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中國遠征軍和通淖爾之敗，由於胤禛對岳鍾琪以十五天的時間征服青海的印象太深刻了，認為準噶爾汗國也是那樣脆弱。而他任用的滿洲人總司令傅爾丹，卻是一個庸才，對敵人毫無所知，所以才陷入極其幼稚的誘敵之計，雖然有光顯寺的大捷，也只能穩定情勢，不能恢復戰力。但對準噶爾汗國而言，光顯寺戰役卻是一個意外沉重的創傷，從此再沒有力量進攻。這時候策零可汗提議和解了，胤禛也放棄強硬立場，表示接受。三○年代一七三四年，胤禛派部長級官員（尚書）傅鼐，前往準噶爾汗國首都伊犁（新疆伊寧），跟準噶爾劃定疆界，以阿爾泰山為界碑，互相通商，中國並允許準噶爾可汗可以隨時前往西藏朝拜達賴（煎茶）。
這是中、準兩國間唯一的一次和解，維持二十五年。
在不能消滅對方的情形下，長期戰爭會使自己血枯力竭而死，和解是明智的。但和解建立在雙方同等強大的基礎上，一旦一方過度衰弱，尤其沒有第三者的力量平衡時，和解就會化為烏有。準噶爾汗國在和解後不久，便發生內亂。四○年代一七四五年，策零可汗逝世。嫡子那木札爾繼位，他是準噶爾汗國第一位暴君，五○年代一七五○年，當他要殺他的庶兄達札爾時，達札爾反而把他殺掉，自己坐上寶座。可是達札爾更糟，一七五四年，他又被貴族大策零（奇襲西藏的那位名將）的孫兒達瓦齊殺掉，由達瓦齊繼位可汗。不過達瓦齊還不如達札爾，他剛掌握大權就翻臉要殺幫助他取得大權的好友阿睦爾撒納。阿睦爾撒納是四衛拉特之一的輝特部（蒙古西北角）的酋長，他遂逃到中國。
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中國皇帝弘曆（胤禛的兒子）親自接見阿睦爾撒納，用蒙古話交談，封他為王爵，又送給他駿馬之類的名貴禮物，又請他參加在熱河原野（河北省最北部）舉行的狩獵，用盛大的場面歡迎他。大臣們對弘曆如此優待一個流亡政客，大大的不以為然，但不久就發現其中原因，簡單的很，中國跟準噶爾汗國衝突八十餘年，而中國對準噶爾汗國內部，無論政治情勢和地理環境，都不了解，所以始終束手無策，如今平空得到嚮導，當然喜出望外。
阿睦爾撒納投降的明年（一七五五），清政府叛盟，兩路大軍同時向準噶爾汗國進攻。北路軍總司令（定北將軍）班第，副總司令（定邊左將軍）阿睦爾撒納，由外蒙古烏里雅蘇台出發。西路軍總司令（定西將軍）永常，副總司令（定邊右將軍）薩拉爾，由巴里坤（新疆巴里坤）出發。準噶爾汗國經過十餘年的自相殘殺，人心早已離散，加上阿睦爾撒納號召他們不要抵抗，所以準噶爾軍隊紛紛放下武器，人民夾道歡迎。中國兩路大軍沒有經過戰鬥，就輕易的佔領了首都伊犁（新疆伊寧），達瓦齊跟逃亡了三十一年之久的羅卜藏丹津，一同被俘。
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一直到這時候，中國並沒有併吞準噶爾汗國的意思，只是想分而治之，使它的力量削弱，不再侵略中國。所以清政府下令恢復上世紀（十七）四衛拉特的原狀，使他們仍保持四個獨立的部落，互不統屬，個別的作為中國的外藩，像外蒙古合併前的喀爾喀分為三個獨立的部一樣。於是皇帝弘曆一口氣加封了四部的四個可汗，並邀請這批新貴到遙遠的東方熱河（河北承德），由弘曆接見，參加盛大的宴會。
對阿睦爾撒納，清政府加封他為雙親王，以酬庸他的貢獻。但阿睦爾撒納有他更大的野心，他引導中國軍隊顛覆他祖國的目的，只在借刀殺人，借中國的刀殺他的政敵。他並不希望祖國分裂，所以他堅持仍維持汗國的體制，而由他當可汗。他這種想法跟中國的基本政策恰恰相反，清政府當然不能接受。阿睦爾撒納在大失所望後，決心叛離中國，他了解中國在這次遠征中所以迅速成功，有賴於他政治號召的力量，他估計這力量足可以把中國驅逐出境。於是，在佔領伊犁（新疆伊寧）的明年（一七五六），阿睦爾撒納宣佈獨立，那些剛接受清政府加封的四部可汗，也加入這個新興汗國的行列。中國遠征軍果然一敗再敗，準噶爾汗國的土地幾乎全部光復。這使皇帝弘曆大失面子，認為準噶爾人是不能用仁義感化的野蠻民族，必須嚴厲懲罰。
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第二年（一七五七），弘曆重新組成遠征軍，北路蒙古兵團由蒙古人成袞札布當總司令（定邊左副將軍），西路滿洲兵團由滿洲人兆惠當總司令（定邊右副將軍），發動夾攻，恰恰這時候可怕的惡運抓了準噶爾，天花忽然流行，準噶爾戰士相繼死亡，軍隊自行瓦解。當中國遠征軍進逼伊犁（新疆伊寧）時，阿睦爾撒納束手無策，只好逃到哈薩克王國，再逃到俄國，他也染上了天花，一病而死。在中國堅決的要求下，俄國把他的屍體運到外蒙古的恰克圖城（蒙古阿勒坦布拉格），交還中國。
準噶爾汗國雖然覆亡，阿睦爾撒納雖然死掉，但反抗外國人的戰鬥沒有停止，未死於天花的準噶爾人用游擊戰作誓死不屈的抵抗，使兆惠疲於奔命。這更增加弘曆的憤怒，他下令兆惠執行他的滅種政策。屠殺開始了，滿洲兵團全面出動，無論城市鄉村，深山幽谷，沙漠水濱，每一個角落，都仔細的反覆搜查，連躲到山洞裡逃生的婦女和兒童，都被搜查出來後，立即處決，不使一個人漏網。殺到最後，恐怖氣氛達到頂點，準噶爾人精神崩潰，被搜查出來後渾身發抖，像羔羊一樣，不但不再反抗，反而一個個毫無聲音的低頭受刀。當準噶爾汗國強盛時，人口有六十餘萬，現在逃到哈薩克王國的約十餘萬人，留下的五十餘萬人中，約二十萬人死於天花，三十萬人被殺。準噶爾人從此在他們的故土上消失，只剩下一個地理名詞準噶爾盆地，和橫亙在中、俄兩國邊界上的準噶爾門（新疆博樂東北阿拉山口）要塞，供後人垂淚憑弔。
──一個人或一個小團體，為了尊嚴的理由，寧可玉破，不為瓦全，他們所作的壯烈犧牲，應受萬世的崇敬。但一個國家或一個民族，應有智慧和勇氣接受屈辱，瓦全還有復興之日，玉碎便永無希望了。準噶爾人的遭遇，使我們驚悸。
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──阿睦爾撒納是拉藏汗的孫兒，丹衷的遺腹子，母親是策妄阿拉布坦可汗的女兒。策妄阿拉布坦襲殺拉藏汗後，又斬草除根的把丹衷殺掉，而把懷有身孕的女兒另嫁給輝特部的一位酋長。民間傳說，當遺腹子阿睦爾撒納呱呱降生時，滿身鮮血，大家深信他為復仇而來，他果然達到目的。
