藏密各派對藥師法門之推崇讚嘆
◎ 寧瑪派：《藥師琉璃光法流儀軌》說明：
西藏金剛座拉薩之主尊，文成公主奉入藏地的釋迦牟尼佛像，今供於大昭寺大殿前，及桑耶寺大菩薩像前，皆以此藥師佛儀軌為常修儀軌。如是古今之經典密續，無有勝過本軌之殊勝利益，行者應深具信心。經續繁簡雖為數甚多，然本軌言簡意賅，文雖不多，而意義深遠。
於眾多佛法悉作觀察且極難滿足之有智大僧眾及大法輪苑等習法相之僧眾等，為生者除障、為亡者淨障時，除藥師外余軌皆不普及。藏域金剛座拉薩之釋尊像前與桑耶大菩提院中所誦儀軌亦為藥師佛軌。如是教法新舊顯密任何法中較藥師法功德更大者了無所有也！因此當生信心，具信者皆修持之！一切吉祥！
◎ 噶舉派：十七世大寶法王開示：
文殊菩薩從會眾中站起來，對佛陀說：末法時期的眾生會有各種內外的痛苦，懇求世尊宣說藥師佛法，讓眾生在聽聞到在藥師佛法時，都能成就功德，除滅痛苦。佛陀因此宣說了藥師佛法門。凡是能在藥師佛前祈請的，痛苦即能消滅。
諸佛菩薩的願力不同，因此有和願力相符的各種法門。藥師佛法是針對有身心疾病障礙及面臨死亡的法。佛陀宣說各種藥師法門之後，梵天、帝釋天、為數各十萬的十二藥叉等，發願守護任何持誦藥師名號者。這些藥師經中都有提到。
後宏期時，噶當派源流的阿底俠尊者父子來到西藏弘法。阿底俠尊者非常重視藥師佛儀軌的修持，使藥師法更為興盛。藥師佛以化身佛示現，因此藥師法屬於密續事部，但修持次第屬於無上密續。我們修誦的天法儀軌也是基於事部，但由於涵蓋無上密續的緣故，得受無上密續的灌頂之後才能修持。
末法時，佛教也會衰敗，許多咒語的力量也會減弱。然而，藥師佛法門是特別為末法時代的眾生宣說的，由於佛的願力，藥師咒的力量在末法時期反而更加強大。總之，藥師咒是阿難尊者為了幫助末法時期的眾生對治疾病而請佛宣說的，因此對惡世眾生的利益特別強大。藥師咒尤其能對治猛烈的疾病，例如各種瘟疫，並能幫助病者盡速復元。因此，在我們這時代修持藥師法和咒語的利益特別強大，勝於其他修本尊法和咒語。
◎ 噶舉派：突托仁波切開示
我們在修藥師佛法的時候都會生起一種念頭，那就是修法、念咒後，由於藥師佛的加持，法的殊勝與功德，可以讓我們消除病痛，身體健康。當然，我們會朝這個方向鼓勵大家修持這個法門，而且在藥師佛儀軌及藥師佛禮讚中也曾提到，「單聞藥師佛之名號，即能解脫二趣苦」；另外也提到：「三途疾病依止藥師佛」。
不過一般眾生是以外境來調整自身的疾病，但修行人卻以佛法來調整內心之疾病。由於疾病與障礙乃四大（地、水、火、風）不調所引起，而世間外在的四大影響到了我們身體的四大，使我們生病，也就是藥師經中所說的人類四百二十三種疾病，與八萬種的魔障。但在聽聞藥師經後，可以使它們逐漸消除。這是經典中記載藥師經之功德。
如果我們經常唸誦藥師佛的名號或者心咒，會讓行者持戒清淨，不易破戒；另外也會讓我們累世所積之惡業而於今世帶來的障礙逐漸消除。但唸誦其他諸佛菩薩的名號就沒有這些效果了嗎？並非如此，其利益仍然是有的。但這就好像我們不同的疾病會到醫完不同的科別去看診一樣。
譬如你雖然可以到外科去看內科的病，但卻無法完全根治你的病因。因此外科的病需到外科去診治，內科的病則需到內科去診治。這就是相對，或不了義的意思。難道你生病了去祈請文殊菩薩就得不到祂的功德力了嗎？仍然是有的。但一般我們在祈求智慧、聰明與勇氣方面，會去祈請文殊菩薩。但身體方面的障礙，我們則會祈請藥師佛，這些是因為當時諸佛菩薩們所立下的不同誓願。因此今生你在修行時所立的誓願，也會於未來成佛後，變成你的功德。所以沒有願力，是無法成佛的；沒有「願」菩提心的種子，怎能成就佛的果位呢？
每一位佛都有其願力，否則它就像一灘死水，什麼也沒有；藥師佛當時立的十二大願就包含了這些殊勝的功德，譬如當我們今生造了惡業將於下一世轉生餓鬼道，但在持誦了藥師佛的名號後，將會使你轉生人道。
我在台灣常常聽說有人因在事業、身體、家庭或時運不濟時，會懷疑是否有人對他下了毒咒等等情事。如果是這樣的話，持誦藥師佛名號將能讓你消除這一類的障礙。由於當初佛陀在說藥師經時，十二藥叉與四大天王曾經對佛陀作了承諾，於未來世當眾生持誦藥師佛名號時，他們將幫助眾生去除障礙。每一位藥叉有七十萬的眷屬，十二位藥叉即有八百四十萬眷屬共同來幫助眾生。
◎格魯派：梭巴仁波切開示
藥師佛很殊勝的地方在於說，在藥師佛行菩薩道的時候，曾經發願，將來他要利益末法時代的眾生，因為這樣的緣故，所以越末法的時候，藥師佛的威力就會越大。
◎ 薩迦派：藥師七佛儀軌功德述要
薩迦派歷代祖師均非常注重藥師佛的儀軌，在《藥師琉璃光王如來本願經》及《藥師琉璃光七佛本願功德經》之經文中均反覆宣說，依據八佛（含藥師佛）初發心之十二大願及各願而成佛。其願力能使在世者久病不愈、婦女久年不孕、難產或其他各種疑難雜症，於水火、刀兵、盜賊、刑戮諸災難之苦，均依藥師佛之願力，能使其脫離痛苦，而亡者則依藥師佛名號之加持，導入解脫，因滿願得以往生琉璃莊嚴淨土。其國土莊嚴與西方極樂世界等無差別。
在藏傳的藥師七佛修法儀軌中為先修藥師佛經軌，依其十二大願為生者安康樂道、眾病悉除，得無盡受用物，得妙飲食法味充滿，得妙衣服離蚊蟲寒熱，離邪魔外道去除邪見，入菩提道中，聲聞乘者入大乘中，戒行清淨，身端正聰慧莊嚴具丈夫相，又能得種種戒，而犯戒者還得清淨，不墮惡趣。後以藥師佛超渡儀軌修法利益亡者，使其免於生前病體之痛苦執著，進而能往生琉璃淨土，縱在惡趣中，暫聞佛名，即生人道，修諸善行，速證菩提。令幽冥眾生，得知法樂作佛事業。
近代堪布貢噶旺秋仁波切駐世時，非常注重此部經典，並反覆的宣說藥師佛之功德，由此可見藥師佛對生者及亡者均有很大的利益，僅需信心恭敬受持此法，必能廣大利益有情眾，速證菩提。
