《台灣通史》提到：「陳永華，字復甫，福建同安人。永華聞父喪，即棄儒生無，究心天下事。時成功延攬天下士，接見後，與談時事，終日不倦。大喜曰：『復甫今之臥龍也。』授參軍，待以賓禮。」

在日人川崎繁樹與野上矯介合著的《台灣史》中，稱陳永華「有經世之才，長於時務。鄭經經營的台灣政策，泰半出於陳永華的方寸之間」。

《台灣通史》稱陳永華「開物成務，體仁長人；仿其行事，比之於諸葛武侯」。另外，連橫又評：「永華為政儒雅轉粟餽餉，軍無缺乏。及經歸後，頗事偷息，而馮錫範、劉國軒忌之。三十四年春三月，請解兵。經不聽，既而許之，以所部歸國軒。」

有人認為他輔佐鄭氏父子的功業有如諸葛亮輔佐劉備、劉禪父子，而稱陳永華為「鄭氏諸葛」。

為解決軍隊糧食不足的問題，陳永華鼓勵明鄭將領進行軍屯，以米為最重要的農作物。甘蔗也是農業發展的重點之一，將甘蔗提煉出砂糖，再作為商品販賣給日本、英國。

此外，當時台灣民眾，只會用煎熬海水來製造食鹽，因此鹽的品質很差。陳永華為了改良製程而引進淋滷曬鹽法，流程大概如下：先在鹽田附近挖水溝，使海水淋到沙土上形成鹽土，再將從鹽土提煉出的鹽滷，拿去結晶池經過日曬得到一顆顆的鹽粒，提升鹽的品質。

還有，因為清朝實施遷界令，造成台灣物價的上漲，尤其以布料最嚴重。陳永華建議鄭經買通清朝將領，進行走私，貨物得以流入台灣，穩定了物價。

為了推廣儒家思想，在陳永華的建議下，1666年台灣第一座孔廟於卓仔埔完成[9]。另外在地方上設立學校，只要年滿八歲就要入學[9]。陳永華還制定科舉辦法，在天興州、萬年州，每三年有二次州試，合格後再通過府試、院試，就可進入太學就讀，以培養政府官員所需要的人才。此外，為了推動漢化，陳永華對於入學的台灣原住民，特別免除他們的徭役。

陳永華引進保甲制度，來維持地方秩序。以十戶為一牌，十牌為一甲，十甲為一保。人民無論遷徙、職業、婚姻、出生、過世都要透過保甲向地方官員報備[10]。在治安考量下，陳永華還禁止賭博。

陳永華原本和他的妻子合葬於赤山堡大潭山(即今台南縣柳營鄉果毅後)。明鄭滅亡後，清朝把兩人的遺骸，遷葬於同安，原來的墓碑就此荒廢。直到日治時期，被一位日本人發現，墓碑上刻：「皇明贈資善大夫、正治上卿、都察院左都御史、總制、諮議參軍、監軍御史，諡文正陳公暨配夫人淑貞洪氏墓」，墓碑才得以保存下來。1954年，在發現墓碑的原處，蓋了一座衣冠塚。

現在位於台南市孔廟附近的永華宮，原本為祭祀廣澤尊王的廟宇。另有民間神祇哪吒三太子木像，今安座於台南慈聖宮[13]，與另一觀音木像皆為陳永華於永曆十八年從泉州南安所迎來。清治時期當地信徒打算重建廟宇，於1750年重整完成後，為了紀念陳永華的政績，就將廟名改為永華宮，並且供奉陳永華的神像。

夢蝶園是陳永華好友李茂春退隱後所住的園子，該園為陳永華所題名，此外陳永華還為此園作〈夢蝶園記〉，刻成碑文後送給李茂春。該碑今存於臺南法華寺。

鄭成功是明末清初民間秘密組織－天地會（即洪門）的創始人；陳永華是天地會的實際傳承者，化名陳近南，奉令分派五位大將至各省聯絡志士反清復明；由於陳永華在會內地位崇隆，因此至今洪門在陳永華誕辰時均會予以祭拜。身為天地會的傳承者，諸多傳聞流傳於文學創作，如金庸寫的《鹿鼎記》。據洪門高層人士指出，天地會在清朝時代一直是個有許多化名的秘密結社組織，到了晚清末年，革命黨人如歐榘甲、陶成章、章太炎公開指出天地會的創始者為鄭成功。辛亥革命後，天地會的秘密任務方為世人所知。有一段少林寺征西魯傳說，提及少林僧兵擊退西魯番，少林寺卻遭清軍焚毀，殘存五僧拜萬雲龍為大哥，並以陳近南為香主，五僧分往各省傳佈天地會思想，成為天地會的五祖 ( 就是少林五組 )。