明朝時期的西藏歷史是指朱元璋1368年建明朝於南京，至1644年清兵入關，於北京建立清朝這段時期的西藏歷史。據《明史·志第十六》記載，明朝疆域“東起朝鮮，西據吐番，南包安南，北距大磧”，其中“吐番”即西藏故名。明朝一代，對藏基本施行“多封眾建、因俗以治”的政策，但學術上對明朝治藏的深度和廣度都有不同的爭議。此外，繼明世宗後，隨著明朝國勢衰微，西藏逐漸停止對明朝的朝貢。
1368年，朱元璋在南京稱帝，建立明朝。洪武二年（西元1369年），朱元璋派遣官員持詔諭前往西藏，著令各部歸順明朝。詔書說到朱元璋“命將率師，悉平海內。臣民推戴為天下主，國號大明，建元洪武。式我前王之道，用康黎庶。惟爾吐蕃，邦居西土，今中國一統，恐尚未聞，故茲詔示。”同年，明太祖還派遣陝西行省的官員許允德前往藏地進行第二次詔諭，“令各族酋長舉故官，至京授職”。
1370年，明朝軍隊攻取洮、岷等州，並進克元朝的吐蕃等處宣慰使司都元帥府（脫思麻宣慰司）的治所河州，吐蕃宣慰使何鎖南普遂降明。元順帝病歿，在此情勢下原先忠於元朝的西北藏族首領陸續歸附明朝。
1371年，西藏的世襲封主鎮西武靖王卜納剌（元世祖忽必烈第七子西平王奧魯赤的五世孫）攜帶元朝頒發的印信，率吐蕃諸部首領到南京向明朝納款，表示歸順。明朝收繳了元朝授予他們的印信，分別授予他們為河州衛指揮同知、靖南衛指揮同知，並准予其子孫世襲。屬下官吏也授千戶、所鎮撫等職。1372年，故元攝帝師喃加巴藏卜帶領六十多人赴南京朝見明太祖，表示歸降。喃加巴藏卜被明太祖封為“熾盛佛寶國師”，賜玉印一顆。他還先後兩次向明朝舉薦故元的藏族舊官一百多人，皆被授予各級官職。
1373年正月，當時控制烏思藏大部分地區的帕竹政權的第悉（帕竹政權的首領的稱號）釋迦堅贊（即《明太祖實錄》所記的“故元灌頂國師章陽沙加”）在被明太祖封他為灌頂國師後，遣使入朝，貢以佛像、佛書、舍利。在此之後，藏族地方的大小僧俗首領，也紛紛來到首都南京請封，明朝一律授給他們以新的官職和封號。如指揮同知、僉事、宣慰使同知、副使、元帥、招討、萬戶等職，以及國師等封號。對於新封的藏人僧俗首領，明太祖要求他們“自今為官者，務遵朝廷之法，撫安一方；為僧者，務敦化導之誠，率民為善，以共樂太平”。
對於藏區的行政機構設置，明朝先後在西北藏區設立洮、河、岷、西寧四衛，在今甘、青、川部分藏區以及衛、藏地區設置“朵甘衛”和“烏思藏衛”。洪武七年（1374年），複於河州設置“西安行都指揮使司”，同時升“朵甘衛”為“朵甘行都指揮使司”，升“烏思藏衛”為“烏思藏行都指揮使司”。明太祖為此下詔曉諭諸部：“朕自布衣開創鴻業，荷天地眷佑，將士宣勞，不數年間，削平群雄，混一海宇。惟爾西番朵甘、烏思藏各族部屬，聞我聲教，委身納款，已嘗頒賞授職，建立武衛，俾安軍民。爾使者還言，各官公勤乃職，軍民樂業，朕甚嘉焉。尚慮彼方地廣民稠，不立重鎮治之，何以宣佈恩威。茲命立西安行都指揮使司于河州。其朵甘、烏思藏亦升為行都指揮使司，頒授銀印，仍賜各官衣物。嗚呼！勸賞者，國家之大法；報效者，臣子所當為。宜體朕心，益遵紀律。”同時分別任命管招兀即兒和鎖南兀即兒為烏思藏、朵甘都指揮使司同知，並賜銀印。後又升“行都指揮使司”為“都指揮使司”，下設若干行都指揮使司、萬戶府、千戶所、百戶所等。
洪武八年（1375年）于阿里地區再置“俄力思軍民元帥府”。各級官吏的官階品第由明中央統一規定，頒給印信、號紙，令其“綏鎮一方，安輯眾庶”，並直接向明中央負責，事無大小，均可啟奏“大明文殊皇帝”。
