慘案發生後，荷蘭總督華爾庚尼爾被逮捕並死在監獄裡。據荷蘭史料記載，荷蘭國會曾對此事進行辯論，擔心處於盛世中的乾隆政府的軍事報復以及中斷經濟往來。福建總督策楞、提督王郡將此事上奏朝廷。後來經過反復商議，歸納如下看法：被殺華僑是“自棄王化”、“系彼地土生，實與番民無異”、是“彼地之漢種，自外聖化”，因此華僑遭屠殺，“事屬可傷，實則孽由自作”，“聖朝”無須加以責備，只是禁止了彼此之間的通商貿易。巴達維亞陷入蕭條。值得注意的是，1603年曾發生西班牙殖民者屠殺菲律賓華僑達2萬多人的事件，明朝統治者雖然沒有興師問罪，但對前來的西班牙使者嚴詞譴責。

1740年（乾隆五年）10月9日，荷蘭人命令搜查所有在巴達維亞（今雅加達）的華人居民的住處。這最終演變成持續3天的大屠殺—萬余華人被屠殺在自己家裡，先前抓獲的也在監獄和醫院裡被處死。這就是史上著名的“紅溪慘案”。

華人在東南亞的活動可以追溯到很久以前，在西方殖民勢力到達東南亞之前，華商在東南亞的地位一直很高。《宋史》記載：“中國賈人至者，待以賓館，飲食豐潔。”“凡見唐人至其國，甚有愛敬，有醉者則扶歸家寢宿，以禮待之若故舊。”在真臘，“土人最朴，見唐人頗加敬畏，呼之為佛，見則伏地頂禮。”（《真臘風土記》）在暹羅，“國人禮華甚摯，倍於他夷……若有妻子與中國人同好者，則置酒飯，同飯共寢，其夫恬不為怪，乃曰，我妻美，為中國人喜愛”（《瀛涯勝覽》）。華人因有較高的知識與技能，不僅成為當地官員，甚至享有部分法律豁免權。在真臘，法律規定當地人殺唐人處死，“唐人殺蕃人至死，亦重罰金。如無金，以賣身自贖。”在文郎、加里曼丹，男女通姦罪當處死，但華人與當地女子私通可豁免，但需“削其發，以女妻之，不聽歸也”。

殖民者來到東南亞後，華人地位開始下降。但荷蘭殖民者開發巴達維亞，也多依靠華人承包工程，當局對華人的制磚工藝也很滿意。為了將巴達維亞“建成整個東印度最大的城市”，當局千方百計招募華人。1682年，華人達到3101人，1684年，清政府開放海禁，華人源源不斷來到巴城。當局開始限制人口入境，並規定華僑必須辦理申請和批准手續才能進入，但收效甚微，華人雇主通過向官員行賄的方式繼續引入華人苦力。

1719年，巴達維亞城內華僑人口已從初建時的800餘人增至4068人，郊區人口則達7550人。1720年，由於歐洲蔗糖市場逐漸飽和，爪哇的甘蔗農場面臨來自更便宜的巴西蔗糖的激烈競爭，許多農場主破產，一些絕望的失業者成為了暴民。當局準備將他們強行轉移到錫蘭（斯里蘭卡）。

1727年6月10日，當局規定，凡是最近十年至十二年內居留在巴城的中國人，未申請領取政府所頒發的居留准許證者，一概驅遣出境。由巴城華僑所寫的《開吧歷代史記》記載，1740年，盜賊四起，員警抓獲的罪犯大多是穿黑衣黑褲的唐人。當局經商議後下達命令，凡是看到穿黑衣黑褲的人，一律捉拿。結果不僅無業遊民被捕捉，就是許多住在城裡的較為富裕的華僑也遭了殃。華僑與荷蘭殖民者之間的矛盾進一步加劇。

因為聽說被遣送錫蘭的苦力上船後會被投入海中，於是苦力拒絕登船，叛亂爆發。聚集在甘達裡亞糖廠附近的苦力人數超過5000，公推黃班為首領，準備自衛以圖自救。然而華僑中一個名叫林楚的叛徒，向殖民當局告了密。殖民者便以華僑準備進攻巴城為由，發動了大規模的屠殺。

黃班的部隊因武器太差，攻城7日不下，撤退。殖民者又以搜查軍火為名，命令城內華僑交出一切利器，荷軍挨戶搜捕華僑，不論男女老幼，捉到便殺，城內華僑居民被屠殺過萬。僥倖逃出僅150人。被焚毀的華僑房屋六七百家，財產損失無法估計，這就是當時震驚爪哇、中國和歐洲的巴城大屠殺。因巴達維亞城西有一條河，名紅溪，是肇事地點之一，故稱為“紅溪慘案”。

慘案發生後，荷蘭總督華爾庚尼爾被逮捕並死在監獄裡。據荷蘭史料記載，荷蘭國會曾對此事進行辯論，擔心處於盛世中的乾隆政府的軍事報復以及中斷經濟往來。

福建總督策楞、提督王郡將此事上奏朝廷。後來經過反復商議，歸納如下看法：被殺華僑是“自棄王化”、“系彼地土生，實與番民無異”、是“彼地之漢種，自外聖化”，因此華僑遭屠殺，“事屬可傷，實則孽由自作”，“聖朝”無須加以責備，只是禁止了彼此之間的通商貿易。巴達維亞陷入蕭條。

值得注意的是，1603年曾發生西班牙殖民者屠殺菲律賓華僑達2萬多人的事件，明朝統治者雖然沒有興師問罪，但對前來的西班牙使者嚴詞譴責。