日本的忍者起源雖不甚明確，但平安時代的天台•真言宗的密教密法要素以及修驗道的修行都被結合在忍術當中。
有忍者的地區幾乎都崇拜役行者。
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役行者是修驗道的開山始祖，也被視為忍者的元祖，修驗道的修行者──山伏事實上為忍者這種說法也是自古就流傳的。
的確，忍術當中結手印、唱誦咒文等行法應該與修驗者（山伏）有密切的關係。
日本通俗的小說、漫畫電影電視中也常見忍者的忍術，出現六甲咒語「臨兵鬥者皆陣列在前」九字的護身法術 。
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甲賀三山的主峰飯道山（滋賀縣信樂町），山峰標高664米，是被稱為「近江的大峰山」的山嶽信仰靈地，相傳其開山者是修驗道場的祖師—役行者。
役行者，據說因為他頭上有角而被稱為「役小角」，傳說是是陰陽師安倍晴明的師父賀茂忠行的祖先，。
他出生在現在的奈良縣，奈良御所市撰寫的《日本靈異記》中對他有這樣的描寫：「生而博學，恒信佛法。每天乘五色祥雲在天空中飛翔，與仙人攜手遊覽於永生之界，在遍布鮮花的庭院裡休憩，吸取長壽之氣。更進住巖窟，著葛衣，食松針，浴清泉，盡去人間之汙穢，修煉孔雀王咒經的咒法，得不可思議法力。」
他把中國的神仙思想引入了佛教，並創設了山嶽宗教。
役行者17歳時在元興寺學得孔雀明王呪法。之後在葛城山（葛木山。現在的金剛山・大和葛城山）で山岳修行，也多次在熊野與大峰（大峯）山群中修行，在吉野的金峯山感悟到金剛藏王大權現，形成修験道的基礎。
20多歲左右，治癒了藤原鎌足(藤原氏の始祖)的病，念咒術、提倡神佛調和。
到了文武天皇時代（西元699年），因有人進讒言汙蔑役行者想殺死天皇，役行者被逮捕，流放到伊豆的一個小島上。
據說在流放地，他白天尊天皇之名在島上修行，晚上飛到富士山上青龍寺修煉(昼だけ伊豆におり、夜には富士山に行って修行した)。
2年後大宝元年（701年）獲得大赦，役行者回到茅原、同年6月7日在箕面天上ヶ岳圓寂。享年68歲。
平安時代，由於山嶽信仰的興盛，朝廷追贈「行者」尊稱給他，之後才通稱「役行者」。
這位修驗者的祖師傳說中修得了全部忍術的役行者與甲賀流忍者關係更為密切，更有甲賀忍者是由修驗道場產生的說法。
役行者開山的飯道山周圍多產良木。在東大寺的二月堂興建之時，良弁和尚在飯道山飯道神社的幫助下調了不少木材。
聖武天皇之所以在飯道山麓興建紫香藥宮，也是因為這裡有大量木材可供營造宮室。在這種自然條件下，自然而然地誕生了優秀的林業集團。
雖然紫香藥宮沒多久就被廢棄了，但是在當地產生的林業集團，即其後形成甲賀忍者的鵜飼・内貴・服部・芥川・望月氏之「杣五家」，卻因此走上了地方武士的道路。
另一方面，飯道山的修驗者們以飯道五院的寺院為中心在中世繁榮起來。
修驗者們住在山麓娶妻生子，渾然一體，落地生根擁有土地，把修驗中獲得的知識滲透到農村，也走上了地方武士的道路。
他們中的多數人以祈禱、賣藥為生，在甲賀，這些人被認為是最後形成忍者軍團的核心人士。
平常務農，或行商各地收集情報，戰時則活躍於戰場或後方。在忍術流派之中長於用藥。
與隔山的伊賀流相異之處，在於甲賀流忍者對主君盡忠，但是伊賀流忍者與僱主之間僅有金錢契約的僱傭關係。
甲賀流忍者屬於六角氏傘下，是莊園「惣」」(自治)的組織形態，有關的案件以多數決決定（合議制）運営。
甲賀武士之中、特別是青木・山中・三雲・隠岐・池田・和田有「甲賀六家」，是保衛六角氏観音寺城的在番衆，是六角氏的武士集團。
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西元1487年(長享元年)左右，由於甲賀地方的「惣」」拒絕交年貢，失去了年貢的比叡山和朝廷勢力開始強烈要求足利幕府對六角氏進行討伐。
足利9代將軍足利義尚親自披上了紅色鎧甲出擊，於長享元年（1487）在甲賀的近江国栗太郡鈎村的安養寺構建宮室，設立了本陣，也就是大本營。這就是所謂的「鈎の陣」。
六角高頼放棄観音寺城撤退到甲賀郡山間部展開游擊戰，甲賀忍者發起奇襲「鈎の陣」，使戦鬥陷入膠着状態。
被游擊戰術搞的頭昏眼花的幕府軍說「甲賀武士使用的是忍術」，甲賀忍者的名聲開始威震全國。
役行者「孔雀之呪法」、「飛天之術」，還得到前鬼(善童鬼)與後鬼(妙童鬼)夫婦成為護役，能夠飛天遁地，成為忍者崇拜的神祇。
寛政11年（1799年）役行者被光格天皇諡贈「神変大菩薩」。
日本三重縣伊賀市伊賀流忍者博物館名譽館長，甲賀流忍術伴家忍第21代宗家川上仁一是日本公認唯一在世的忍術大師，及被認為是日本最後的一位忍者，2012年，川上仁一以「忍者不適合現代社會」為理由後，決定不再接收徒弟。(網整)
