甘丹寺是藏傳佛教格魯派的祖庭，於1409年由宗喀巴祖師親自建成。與其說它是一座“寺院”，不如稱它為一所“佛教大學”更為貼切。與色拉寺及哲蚌寺一樣，學僧由西藏各地來到甘丹寺求學，在寺中的生活主要是學習佛法，日常上殿誦經禪修的時間反而不多。在學成畢業後，僧人大多各自回到自己原屬的地區寺院弘法。 

   甘丹寺分為蔣孜院及薩孜院兩座學院。在歷史上，蔣孜院的方丈選舉是這樣的：在有必要選出新方丈時（例如老方丈圓寂或屆退任之時），全院僧人上殿誦念甘丹寺蔣孜院護法吉祥天母祈請文，請求他為寺院選出適合當方丈的人選，然後全體在地區政府及寺院監事團監督之下退出，由各監督人在所有殿門及窗上封條蓋印，確保沒有人能在夜間進殿做手腳。翌日，大眾一起見證拆封及打開殿門的儀式。在入殿後，本來是空的方丈法座上放著誰的坐墊，那坐墊的主人便是由蔣孜院護法吉祥天母親自顯靈任命的新方丈，大眾既不會異議，受命繼任方丈法座之僧人亦不得違抗。這樣的事聽起來似乎匪夷所思，但護法吉祥天母的靈異倒是藏人司空見慣的了，所以也已變得見怪不怪。      

在四川大藏寺，曾經有一位顯得平凡的僧人。這位僧人出身自窮苦家庭。因為他負擔不起較佳的布料，所穿之僧袍由最差之麻布染色縫製而成。有一天他在寺院附近挑水，怎知一陣旋風吹來，一眨眼間他已遠在三個月腳程以外的拉薩甘丹寺。在搞清楚自己已身離故鄉千里之外後，僧人只好隨緣入寺求學。在大藏寺方面，寺僧見該人久去未返，便四出尋找，卻只找到他挑水的桶，附近又找到有幾塊印有非人工刻成的蹄印之石頭，大家便只好把這僧人視為失踪。沒多久後，甘丹寺蔣孜院必須選新方丈，寺方便依傳統祈請護法任命，然後如上述般撤出大殿、封好門窗等等。在第二天大家入殿時，竟然發現法座上放著這位新來的平凡僧人之坐塾。

在甘丹寺等三大寺中，歷來之方丈都是德高望重的大學者，所以寺僧對這位受命任新方丈的平凡僧人顯得不太接受。但由於新方丈也是依傳統由護法親自任命，寺方亦無話可說，只好悻悻然接受護法的決定而向新方丈頂禮。但大家都看不起這個新入寺、還未完成最初級的第一年級課程、又沒學問的外來者，便僅自向宗喀巴祖師的紀念塔頂禮。在這時候，放在新方丈法座背後的一尊宗喀巴像竟然開口說話：“我在這裡！”寺僧在驚嘆之下，便轉回來面對說話的佛像方向（即新方丈之方向）而頂禮。從此，該尊宗喀巴佛像便被稱為“曾說話的祖師像”，據說這佛像現在仍供奉在甘丹寺。

這位新方丈後來果然成為了一個大學者，並且對甘丹寺有很大的建樹，大家便明白了當初根本便是吉祥天母親自把他由千里之外的大藏寺以神通帶來的，也只好讚歎靈異的護法慧眼識人，沒有為寺院選錯方丈。這位戲劇性地登上方丈法座的大師，便是西藏歷史上鼎鼎有名的“達勒堪布”，這個稱號便正是“初年級班的方丈”之意。  

當年在大藏寺寺僧知道失踪了的平凡僧人竟然榮登遠方祖庭甘丹寺蔣孜院方丈法座後，大家便明白當初是吉祥天母以神通親自把他帶到拉薩的，而在該僧人失踪地附近的蹄印便正是吉祥天母之座騎（吉祥天母騎驢）所留下來。現在這幾塊蹄印石被收藏於寺史博物館中。