在這許多年裡，雪域遭遇了史無前例的天災人禍，聖潔的佛教被踐踏得七零八落。當時，哪怕僅僅念誦一句觀音心咒也會不幸入獄，遭受皮肉之苦，更何況說真實修持正法呢？
就是在這樣形勢極為緊張的情況下，法王運用錦囊妙計以及通過護法神的加持，始終堅持不懈地為部分有緣弟子賜灌頂、講經續、傳竅訣，並帶大家實修。有時在山窟岩洞之中，有時又轉移到蒼松翠柏之間，經常在萬籟俱寂的夜晚，借著皎潔的明月為弟眾傳法。例如：在哲清樹林中為秋巴堪布等傳授《大幻化網》；在某某山洞裡為 桑堪布等傳《心性休息》；在覺義岩窟中為 科堪布等傳《入行論》。總之，在不定的山窟岩洞之中、蒼莽森林之間為根基各異的弟子傳授不同的法要。在那樣驚濤駭浪的歲月中能夠連續不斷講經說法的人實在絕無僅有。
當時所有的經典論著無時無刻不面臨著被焚毀的噩運。瑜伽士達吉冒著生命危險將法王所著的《直指心性注疏》等珍貴法寶及其他的經書一同隱藏在一處比較保險的山洞裡。過了幾年之後去取這些經典論疏時，發現只有法王所撰的論著完好無損，其餘的經書幾乎全被雨水淋壞了。
在此期間，所有的出家人差不多都已被迫還俗，與在家人一起放牧、務農，過著淒慘的生活，自始至終受持清淨戒律的人寥若晨星。人們的思想污濁不堪，甚至到了瘋狂的地步，都視破戒為光榮。再說，法王儀錶堂堂的相貌、冰魂雪魄的氣質使無數美女佳人為之傾心。許多稍有姿色的女人在他面前弄姿作態，花言巧語，企圖引誘，但他絲毫不為之所動。當年與法王形影不離的嘎多堪布深有感觸地說：“不用說是違犯戒律，甚至他老人家的缽盂、錫杖、三衣也從未離過身。你們年輕人絕不知道在那種處境下如此護持淨戒有多麼不容易啊！”眾人聽後都感動不已。
法王也曾意味深長地對僧眾說：“當時如果舍戒還俗會受到上級表彰嘉獎，似乎整個天下沒有一個人支持守戒。但我想到人生委實難得，戒律是一切功德的根本，所以儘管困難重重，我一直像護眼目一般守持淨戒。如今你們持戒有很多順緣……”在那樣的年代裡，能夠一如既往地持有真知灼見，日不間隔地傳授正法，堅持不懈地修行，連細微的戒律也未違犯，實屬罕見，他那如冰雪般潔白無瑕的品行不能不令人歎為觀止，宛如污泥濁水中的一支白蓮花，纖塵不染，挺然而立。
