以上是兩種菩提心中世俗菩提心的學處，接著是：
E2.勝義菩提心的學處，分兩個方面：F1.入定時觀修離戲無執，F2.出定遇貪、瞋時遠離實執。
F1.入定時觀修離戲無執：
一切現象唯自心 心性本爲離邊戲
領悟彼諸二取相 不作意是佛子行
一切所顯之現象唯是自己的心，而心的本體遠離八邊戲論，這是大中觀、大手印、大圓滿的密意，所以，領悟遠離能取的心與所取的境這二取的體相，心不作意是大乘佛子之密行。
F2出定遇貪、瞋時遠離實執又分兩個方面：G1.於貪境離實執，G2.觀想一切痛苦爲幻境。
G1.於貪境離實執：
會遇悅意之境時 當視猶如夏時虹
雖然美妙然無實 斷除貪欲佛子行
在生活中，我們經常會遇到一些悅意的外境，如人或物等，此時應當把這些看做是夏天的彩虹，雖然十分美麗，但並無精華、實質，也不長久，認識到這一點，自然會淡化、斷除因之而生起的貪欲。
G2.觀想一切痛苦爲幻境：
諸苦如同夢子死 實執幻象極勞累
是故遭遇違緣時 視爲幻景佛子行
我們每個凡夫人都是因業報而來的，必然有各自的痛苦，但這些痛苦如同有一個少女，夢見自己生了個兒子，後兒子又不幸死去而悲痛欲絕一樣，其本體都不是實有的，只因將其實執爲有，自心才深感勞累與痛苦。人生本來是如夢如幻的，無論在修法及日常生活中遇到什麽違緣，都應視爲幻化所生，本無實有。《虛幻休息》中以夢、幻、水月、陽焰等幻化八喻詳細地向我們闡明了萬法非實有的本質，確實生活中處處都有很深的竅訣，重要的是我們能細心地去發現、去體悟。
以上闡述了上士道中的前兩個部分，應發菩提心的理由和修兩種菩提心。接下來講D3.學菩薩戒。
D3又分五個方面：E1.學六度，E2.修學經說四法，E3.修學斷除一切煩惱，E4.修學以正知正念度化衆生，E5修學善根迴向。
E1又分六個方面：F1.修學布施度，F2.修學持戒度，F3.修學忍辱度，F4.修學精進度，F5.修學靜慮度，F6.修學智慧度。
F1.修學布施度：
欲菩提者應捨身 何況一切身外物
是故不望報異熟 布施便是佛子行
修行者如果想得最究竟的解脫菩提果，則應該捨棄自己的身體，連身體既然都應該捨棄，則一切身外之物更是應該上供下施。而供施時不能有所求的不清淨心，有求的布施將是有漏之福報，得不到究竟的菩提果，最如理如法的是以三輪體空來布施，不希求未來得異熟果，這種以無緣之發心必得無相之佛果。
F2.修學持戒度：
無戒自利尚不成 欲能利他豈可能
是故無存貪有心 護持淨戒佛子行
如果佛弟子沒有戒規，連自己事業都不可能成辦，更談不上去利益他人。而且，持戒時首要的一條是不再對三有輪迴生起貪染之心，像上師法王如意寶一生護戒如眼，即使在文革期間的艱難的環境中也未曾鬆懈，因此才有今天這麽宏大的事業。
F3.修學忍辱度：
欲享善樂之佛子 一切損害如寶藏
故於衆生無怨心 修忍辱是佛子行
每位想得到佛果的佛子，應當把一切損害視作寶藏，如《修心八頌》所云：「秉性邪惡衆有情，恒爲猛烈罪苦迫，見時如遇大寶藏，願恒惜此難得寶。」因此，很多人無緣無故地害你時，不應有絲毫的怨恨心，應當看成是自己修忍辱度的善緣。
F4.修學精進度：
唯求自利小乘士 見勤如救頭燃故
爲利衆生功德源 發精進是佛子行
那些只爲立志自我解脫的小乘弟子，爲了自利尚且日日夜夜精進不懈，如頭髮燃火而急切地去撲滅一樣，那麽，爲了一切衆生的利益安樂，立志成就佛的一切功德，這樣的大事，更應該刻不容緩地精進修法了，往昔諸佛、現在諸大成就者也無一不是精進的，故發起精進是佛子行。
F5.修學靜慮度：
已知具寂之勝觀 能斷一切煩惱障
遠離四處無色心 修習禪定佛子行
如果修行者已經了知具有寂止的勝觀能斷除一切煩惱障，遠離無色界的四空定，即遠離四處無色心（空無邊處、識無邊處、無所有處、非想非非想處），則當如理體證這個境界。若想如理體證這個境界，必須修習止觀雙運的禪定，這在《大圓滿心性休息》中有廣講。
F6.修學智慧度：
若無智慧以五度 不得圓滿菩提果
故具方便離三輪 修習智慧佛子行
如果沒有智慧僅僅修持前面的布施、持戒、忍辱、精進、禪定五度，則不能得到圓滿的菩提果位，因爲，智慧是成佛的主因。因此，應該遠離對能、所、物這三輪的執著（如布施時執著有能布施的人，接受布施的人，和布施的物品），而使前五度都融入智慧度之中。
E2.修學經說四法分四種：F1.常觀己過而捨棄，F2.不說菩薩過失，F3.遠離貪欲；F4.不說粗語。
F1.常觀己過而捨棄：
若不細察己迷惑 以法形象行非法
是故恒察己過失 斷除其是佛子行
如果一個學佛法者不知道向內細緻觀察自己的迷惑，難免以學正法人的形象做出一些不如法的事情，有些口稱自己是三寶的弟子，因爲不能恒以皈依戒、五戒、菩薩戒來對照自己，做出一些非法的行爲，還以爲自己做得很好，有些出家人，形象上穿僧衣，卻不經常誦戒，更不檢察自己的言行，不按佛的教誨去行持，究其原因多是不察自己之過而造成的非法行爲。不內察於己，這是凡夫最大的一個毛病。
F2.不說菩薩過失：
以惑宣說佛子過 以彼減弱自功德
故入大乘士之過 不宣說是佛子行
如果一個人因業力現前，一時的迷惑，生起了煩惱，評說了其他大乘佛子的過失，這樣，說過失的人會漸漸地減弱自己聞思修的全部功德，這在戒律中有詳細的說明。一個人如果以說別人的過失爲樂事，這個人的修行肯定不好。如果對方能接受批評，可以提醒他做錯了事，反之，若對方剛愎自用，則徒然使雙方都産生煩惱，這時只能在心裡默默爲他念咒加持。
F3.遠離貪欲：
貪圖財敬互爭執 減弱聞思修之業
故於親友施主家 斷除貪心佛子行
有些出家人，爲了獲得居士們的供養恭敬，經常互相爭執不休，如「這是我們的施主，他不能供養恭敬別人……」，往往因此而生起貪心和瞋心，把自己的聞思修逐漸減弱了。有些大德起初以很好的發心，四處弘法，久而久之，生起了執著心，再後來瞋恨心也生起了。我們修行人要多站在別人的角度想想，用平等心來待人，對上師不要執著是「我的上師」，上師對每位衆生都同樣地慈悲，不會只對你一個人慈悲，對施主不要執著是「我的施主」，施主布施的目的是種福田廣積資糧，你一個人代替不了六種福田。再者，你執著你的施主不能供養別人，則是否你自己也不能接受別的施主供養了？所以，這些不應該執著。對自己的親戚朋友也不能執著，否則，很容易生貪心或瞋心，只是徒增煩惱而已。
F4.不說粗語：
粗語傷害他人心 失誤佛子之行儀
故於他人所不悅 斷惡言是佛子行
如果佛子不注意自己的語言，說了粗語，既傷害了別人的心，又有失於佛子的律儀，所以，凡是他人所不喜歡聽的話，都應盡量斷除，令他人歡喜。
E3.修學斷除一切煩惱：
煩惱串習則難治 念知士持對治劍
貪等煩惱初生時 鏟除其是佛子行
從無始以來，我們的貪瞋癡煩惱的串習極爲嚴重，極難對治，需要正知正念像勇士守城門一樣時時地仔細地觀察，見到貪瞋癡等煩惱一出現，馬上用正知正念的寶劍調伏它，久而久之，自然能鏟除煩惱的根。
E4.修學以正知正念度化衆生：
總之何處行何事 當察自心何相狀
恒以正知及正念 修行利他佛子行
總而言之，無論在什麽地方做什麽事情，都應觀察自己的發心：是不是如法？是不是對衆生有利？是有漏的發心還是無漏的發心？這個非常重要也非常深！能修好這一條，今生成就就是無疑的。
E5.修學善根迴向：
如是勤修所生善 爲除無邊衆生苦
以淨三輪之智慧 迴向菩提佛子行
如是以上述勤修所生的一切善法，爲了斷除無始以來無邊衆生的痛苦而以本淨三輪體空的智慧，迴向於無上菩提，這是大乘菩薩的行爲。
以上是論義正行部分，接下來是本文第三大部分──末義。
A3.末義。分五個方面：B1.爲誰而著，B2.顯明此論無誤，B3.謙虛並祈諒解，B4.作者迴向菩提，B5.以具備四種圓滿而結尾。
B1.爲誰而著：
爲利欲學佛子道 顯密經論所言義
跟隨聖賢之竅訣 著佛子行卅七頌
爲了利益想修學菩薩行爲的後學們，作者依顯密之經論及上師的口傳竅訣，而著述了三十七個頌詞，明示大乘菩薩所應遵循的行爲。
B2.顯明此論無誤：
吾淺智慧少學故 亦無智者所喜詩
然以經典教言故 佛子行頌應無誤
我智慧淺薄又沒有廣博的學問，雖然沒有智者所喜愛的韻辭，而有依經典教言所生的實義，故此三十七頌中所講明的佛子所應行的道理應該是不會有誤的。
B3.謙虛並祈諒解：
然諸廣闊佛子行 愚鈍如我難測故
違理無關等過失 祈諸聖賢予寬恕
然而佛子所應行的有很廣很多，像我這樣愚笨遲鈍的人是難以推測的，故而如果此頌文於義於理有違於經典和與之無關的不如法之處，本人至心祈求諸佛菩薩傳承上師給予寬恕。
B4.作者迴向菩提：
以此善業諸有情 依勝俗諦菩提心
無住有寂之邊際 願成怙主觀世音
此偈頌作總迴向。以此善業願一切有情，依於勝義世俗二諦菩提心，不住三界輪迴與寂滅涅槃的二種邊際，成就怙主觀世音菩薩的果位。
B5.以具備四種圓滿而結尾：
此文乃講解教理之土美尊者爲自利利他造於恩曲仁欽鋪。
