明朝亡後，大約有近五十萬的明朝移民（主要是東南沿海一代的），通過各種方式，遷移逃亡到了日本。他們居住在以長崎為中心的九州島一代，給日本帶來了難以想像的文化。這次移民是一個不小的數目。當初滿洲人趁虛而入，也不過是這個人口數。同時，南明政權注意到鄰近的日本保有相當的軍事力量，因此便向日本發出了軍事求援，希望與之組成聯盟以驅逐清軍。

日本有一些政治家、軍事家，也曾經幫助明朝移民試圖中興明朝，但是最後都失敗。在明末反抗滿洲人最艱苦的時候，鄭成功在東南一帶苦苦支撐殘明長達十七年，其中曾經得到過日本德川幕府方面的幫助。日本的文學家、戲劇家從江戶時期開始，就創作了一系列文藝作品贊頌鄭成功。日本著名詩人梁川星岩與四方赤良都專門作詩紀念他，劇作家近松門左衛門則寫了木偶淨琉璃戲《國姓爺合戰》。現代文學家司馬遼太郎在他的小說《大盜禪師》中，就通過主人公浦安仙八的經歷，描寫了鄭成功和日本兵家由比正雪試圖恢復大明的故事。

南明隆武元年（1645年），鄭芝龍擁立唐王朱聿鍵在福州登位。鄭芝龍、周鶴芝等人連續派使者向日本發出了派軍支援的請求。並帶去書信，“伏望念平素交通之誼，乞借勁旅三千”，“一戰而金陵平，再戰而燕都复”。十二月，水師都督周鶴芝又以林高為使者，前往日本要求派兵三千，鄭芝龍在書信中說“前云借兵五千”。對於這次借兵，德川幕府向長崎奉行指示：“……此次林高雖來申述，然而事起倉促，無意滿足。可將此意告知，令林高早早回國。”於是，周鶴芝轉而求與其有舊交的薩摩藩主島津氏派遣援兵。次年三月，周鶴芝根據前一年與薩摩藩的約定，準備派遣參謀林齋舞把計劃付諸實現，但遭到副將黃斌卿的反對。

南明隆武二年（1646年）九月，鄭芝龍又命黃征明持隆武帝國書並自己書信及彩緞等物，赴日本長崎乞援兵，時賴宣、義真、賴房等三將軍均擬出兵，因大老井伊直孝拒絕而遲疑難決。不久又獲悉隆武帝被殺、鄭芝龍投降，未能成行。南明永曆元年（1647年）和南明永曆二年（1648年），鄭彩（即魯王徵虜大將軍建國公、鄭成功族兄）曾兩次移書日本幕府求援。

鄭芝龍之子鄭成功及其孫鄭經連續三代，也都接連不斷對日本請求過軍事支援，從1645年到南明永曆二十八年（1674年）的三十年間總共對日派遣了十次使者。1647年，鄭成功轉戰同安、金門等處，屢摧清軍，為永曆帝朱由榔封威遠侯。方此之際，他感到明朝中興有日，就致書長崎幕府，請討援兵:“大明龍興三百年，治平日久，人皆忘亂，鞋靶乘虛破兩京，神州悉為腥擅所污。成功深受國恩，故將瑛血以報答。徘徊浙閩間，咸義頗有樂從者。”

南明永曆十二年（1658年）六月間，鄭成功派遣桂梧、如昔和尚東渡日本長崎，遞交了鄭成功致德川幕府等四代將軍德川家綱的書信。鄭成功在書信中首先稱讚頌了幕府將軍，接著結合自身經歷，說：“成功生於日出，長而云從，一身系天下安危，百戰佔師中貞吉”，並以唐將徐世勣賜姓李自喻，以顏真卿氣節自勵，以示抗清決心。鄭成功希望發展與日本的友好關係，在書信的結尾指出：“中興伊邇，敢望僧桂梧、如昔重來。文難悉情，詞不盡意”，暗喻南明將再次興師北伐，乞兵曲筆之隱由桂梧、如昔去長崎面敘。

黄宗羲等支持復興明朝的勢力也派遣不少使者。這些不辭辛勞、先後趕赴日本乞師的舉動，感動了一些同情南明、視漢族政權為正統的日本藩主，遂與其展開中日貿易支援南明軍需物資。自南明隆武開始的歷次乞師活動中，日本提供了大量的財務。然而，實行鎖國政策的德川幕府對於軍事上的支援一貫持否定態度，所以一直對此保持沉默，僅僅允許以貿易等形式出售物資和倭刀等武器。在後來的三藩之亂中，德川幕府也暗中給予三藩物資支持。南明復興勢力也向琉球、南洋諸國甚至西方國家尋求援助。建國公鄭彩曾多次從琉球國購買硫磺以抗擊清軍，並經由琉球及薩摩藩，向德川幕府發出乞師請求。薩摩藩力主支援南明，但被德川幕府拒絕。

德川幕府在中國明清交戰中的態度是，將清兵入主中原視為“華變於夷之態也”，但對南明多次乞兵一直冷淡，其所持的態度是非常慎重的。所謂冷淡並非等於不願出兵，而是此事關係到與清廷的兩國關係，不能不權衡明清戰事演變和得失利弊，慎重對待之。南明隆武二年（1646年）鄭芝龍遣使乞兵之時，一些日本藩主“以拒絕為恥，紀州、尾州、水戶之藩更竟欲出任總大將”，只是獲得鄭芝龍降清和隆武滅亡的消息，才使出兵成為泡影。

《漂人問答》援引明遺民曾勝供詞云：“庚子夏初，日本大舉兵，隨漢人之客於日本者以向北京矣。洋中忽遇狂風，舟不得前，乃回師。”“庚子夏初”系當南明永曆十四年（1660年）夏初，日本大興出兵，在寓居日本的“漢人”嚮導下“以向北京矣”，意味著日本在這次中國明清交戰中是站在南明一方，與清廷單方面處戰爭狀態。然而途中“忽遇狂風，舟不得前”，日軍海中遇難者不少，才使這非同尋常的“大舉兵”以“回師”了之，與清廷安寧如故。

《漂人問答》是一個朝鮮濟州特使所撰，據他親自訊問曾勝等明遺民而成書。當時“大明福建省官商人將向日本商販”的林寅觀、曾勝、陳得等九十五人因船體破碎漂泊到朝鮮濟州境，濟州特使負責盤詰。李氏朝鮮與清廷有外交關係，故對鄭氏乞兵日本非常敏感，林寅觀回答時曾說“前年日本王許兵相助”、“先王之借兵於日本久矣”。而鄭成功在北伐檄文中也聲稱“不期而會者海外一十四國”，日本素有其小國數十之稱，由德川幕府控制諸藩、統一全國。

鄭成功北伐前除了遣桂梧等人去日本乞兵，還在廈門積極練兵，籌足軍餉，與張煌言會師，邀請海外遺民如朱舜水回國參戰，說明他非常重視北伐，充滿必勝信心，因而他在致德川家綱信中說“中興伊邇”。這個非同尋常的計劃，引起了日本重視。尾張、紀伊、水戶三藩侯都主張出兵，對德川幕府決策影響甚大，經過一年多的時間，終有“庚子夏初日本大舉兵”。此舉是德川幕府慎重考慮後決定的，希望明清交戰中出現“夷”變於華之態。

德川幕府主政官員和著名漢學家深受中國華夷之辨的影響，滿族原是中國東北地區的一少數民族，日本以華夷標准定格其為“夷”，稱之“韃靼”、“韃虜”、“奴兒部”、“奴酋”。滿清定都北京時，德川幕府官員認為，“虜之貪戾，據燕京。自取之，不歸”，對滿清的不屑溢於言表。對於中國明清易代，日本視為“華夷變態”。“三藩之亂”爆發後，幕府官員更是發出“若夫有為夷變於華之態，則縱異方域，不亦快乎”的感嘆。

當時日本學者也認為“韃虜橫行中原，是華變於夷之態也”，“他邦（中國）雖有博識之士，觀其作為，不及天地之智也，其道可行於世者，幾近於無。而吾皇國之古道，自天地伊始，平坦寬闊，為其不可道破，後人亦難知之矣。吾邦古道，雖言絕跡，室則與天地共存，永無止境也”。明朝遺臣在不斷赴日乞師、乞資中的求援文書曾有曰：“蠢爾韃虜，乘機恣毒，羶污我陵廟，侵凌我境土，殘害我生靈，遷移我重器，天怒人怨，惡貫滿盈。”滿族的崛起使日本想起四百年前曾經入侵日本的 “元寇”，將滿族與蒙古視為同類。

甲午戰爭後，在簽訂馬關條約時，日本人始終不肯承認他的敵手是“中國”，而是滿清政權。其中意義，不言而喻。日本認為中國在明亡後就已經滅亡了。明治維新後，日本一直自認為它才是繼承中華。因此，日本便以楠木正成首倡的“尊王攘夷”為名，發動了對清戰爭。

本來鄭成功北伐戰爭初期形勢不錯，“四方響應，皆謂中興”，三吳地區人民都希望鄭成功北伐告捷。當時清兵處劣勢，江寧指日可下，全國震動，清廷“欲出京兵” 援江寧。永曆政權方面，李定國已與鄭成功約定北伐。李定國還約定李來亨在湖北配合鄭成功北伐出擊，魏耕等人積極在長江中下游地區活動迎接北伐。但鄭成功卻在此關鍵時刻犯了驕傲輕敵的嚴重錯誤，如圍江寧而不攻，軍紀鬆弛，不奪取江寧所屬咽喉要地，使清廷從沿海調兵得以增援江寧守軍，使清兵實力增強，並且後來戰法又不當，如江寧外圍之戰大敗就從鎮江揚帆而去，錯過化被動為主動的機會。北伐終因鄭成功的原因而失敗，且敗後兵力嚴重削弱失去收復中原的機會。

當時很多明朝文人為避戰禍來到日本，日本的大名家都收用他們作爲自己的幕僚。例如對日本思想界影響甚著的朱舜水，曾經數次作為鄭成功的使者，向德川幕府求援。其中包括，他和崔芝一起來到日本長崎，長崎藩主承諾提供數千士兵和盔甲兩百副。而較有成果的一次是薩摩藩主承諾提供三千囚犯和數十萬銅錢，但因幕府拒絕，最終都不了了之。南明永曆十三年（1659年）冬，朱舜水來到日本長崎定居。南明永曆十九年（1665年）六月，常陸國水戶藩藩主德川光圀，派彰考館小宅處齋拜訪朱舜水。同年七月，朱舜水接受了邀請抵達江戶。

作為明末清初十二位誓死不降清的先生中的一位，朱舜水最為鐵骨錚錚。無論是安南還是清廷數次白刃相加，朱舜水都談笑風生，毫不畏懼。他數次前往日本借兵亦數次回國參加起義，有記載朱舜水先生武功不敵，數次抗清皆在敵陣之前。朱舜水的好友王翱的死亡對他影響極大，王翱誓不降清，以明服斥韃虜而被割喉處死，使得朱舜水痛苦異常，此後張煌言被捕遇害。朱舜水鑑於復明無望，誓死不剃髮，“乃次蹈海全節之志”，再次淒滄渡日，永不回故國。

南明永曆十一年（1657年），暫居安南的朱舜水想回國支持鄭成功抗清。恰巧，安南國王徵召識字者做文官，有人舉薦朱舜水。朱舜水回國受阻，被帶進安南王宮。在異國國王面前，朱舜水誓死不肯跪拜。差官寫了一個“拜”字命他拜，朱舜水卻大筆一揮，在“拜”字上添了一個“不”字，就是不肯拜。差官又牽著他的袖子、按著他，想強迫他跪拜，卻被他奮力掙脫。安南國王大怒，揚言要殺他。朱舜水卻說“今日我為遵守明朝禮節而死，死而無憾。我死後，如可收屍，請題‘明徵君朱某之墓’。”此舉贏得了安南國王的尊重，終於放他回國。

後來，朱舜水在故鄉的家人偶然聽到祖父在日本的消息，遣人出海前往日本尋找。朱舜水避而不見，要求後人必須著明裝、蓄髮髻方來，否則絕不相認。朱舜水死前遺言：“予不得再履漢土，一睹恢復事業。予死矣，奔赴海外數十年，未求得一師與滿虜戰，亦無顏報明社稷。自今以往，區區對皇漢之心，絕於瞑目。見予葬地者，呼曰‘故明人朱之瑜墓’，則幸甚。”朱舜水一直企望中原能有恢復的那一天，為此，他滯日期間生活十分節儉，死時居然儲蓄了三千馀金，這是他希冀恢復國家的經費。後人帶回了一幅他的畫像掛於堂前。墓地留在了日本一直保存至今，民國初年梁啟超曾對日協商意欲遷朱舜水墓回國，被拒絕。抗日戰爭時期，日軍打到餘姚，衝入朱舜水祠堂時，見其畫像，恭敬而退，此後再未劫掠，其在日影響可見一斑。

日本的著名古城名古屋，舊稱“尾張藩”，是日本“戰國時代”化德川幕府初期的一個軍事要衝。明末清初的時候，幕府大將軍德川家康的第九個兒子德川義直，被封為尾張藩的藩主，住在名古屋城裡頭。那時，有一位“明國醫師”，也就是由中國移居日本的一位醫生，獲得了德川義直的禮遇，被他聘為幕僚，享有“騎馬登城” 的殊榮。這位“明國醫師”，中國名字叫做張振甫。他到日本的時候，年紀還不到二十歲。但由於張振甫本人精通醫術，德川義直對他非常敬重。不久，張振甫被日本皇室聘為御醫。張家代代相傳，一直擔任著尾張藩主的御醫。

德川義直不但賜給張振甫廣袤的土地，還替他建築明式的大宅邸。並且規定，張氏宅邸四周的日本房屋，都不准正面向著張家。尾張藩第二代藩主德川光友，又贈與張振甫大片的土地，讓他建築佛堂以及家族墓園。名古屋市千種區內，現有的一些地名，譬如振甫町、振甫新田、振甫山、振甫池、市立振甫中學校等等，都是因為這塊區域曾經屬於張振甫所有，因此才有這些命名。當時，名古屋的日本百姓稱呼張振甫為“張の王樣”，中文意思就是“張王爺”。