達觀大師逝世後，憨山大師回憶起他曾說過：「楞嚴經七趣因果，世間書籍沒有與它對應的註解。」大師當時說：「春秋正是說明因果的書啊。」於是發心寫《春秋左氏心法》，借發揮因果的道理，彈劾政治上不明因果而致的腐敗，提倡因果乃立世之本。
萬曆三十三年，大師六十歲。這年三月，大師渡過瓊海，訪尋蘇東坡曾在此住過的桄榔庵和白龍泉，又尋找覺范禪師的遣跡，結果沒尋到。晚上住在明昌塔院，寫了一篇《春秋左氏心法序》。
第二天，大師遊石山，寫了《瓊海探奇記》和《金栗泉記》。晚上登上郡城，看見城中生氣不佳，立刻對地方人士說：「瓊城將有災難了，你們趕快逃避吧！」但人們都還以為大師在騙他們。當大師收拾行裝準備離城時，郡城的土大夫們苦苦相留，但他無論如何也堅持要去。
第二天大師印渡過瓊海，半個月以後，瓊城即發生強烈的地震。城東的舊壁和門都陷了下去，城中的官舍完全傾塌，明昌塔倒下正壓碎了大師曾居住過的樓房。許多知情人都認為大師有神通。
四月制府檄大師回五羊。七月大師到曹溪。這時祖殿已完成十有六七，修建時欠工料費千金，大師向兩位內使化緣，償還了借款。大師又修建了五羊青門長春庵，作曹溪的廨院，為六祖大師辦供。
萬曆三十四年，神宗皇上的長孫誕生，朝廷大行恩赦，凡在充軍的老年有病者，及有錯貶的，都聽其辯明釋放。大師也在釋放之例。
第二年，大師遷籍曹溪，在山中常為弟子說法。
大師幼年時曾讀《老子．道德經》，因文古意幽，文句艱澀難懂，決心參究其中的義理。後經梢家弟子請求為《道德經》作註，因此，大師從萬曆二十年開始落筆構思，一定到參究透徹才落筆，如有一字未通，決不輕易放過。這樣努力了十五年才完成了《道德經注》。大師曾說過：「我在寫經註解時，總是凝神入觀，體契佛心，到了內心智慧明徹時，才寫在紙上，如果一涉思議，即不中用。」可見大師的文章，都是從般若心中流出的。
萬曆三十六年，大師計劃修建曹溪大殿，化緣金，運木材，都親自奔波。
第二年二月，大師從端州運木材回來，被大風阻在羚羊峽。這時大師漫遊端溪，寫了一篇《夢遊端溪記》。木材運到蒙江，大師先入山，正想召集僧眾搬運木材時，不料有幾個奸僧被奸商所動，出來反對大師，造謠說大師侵吞了常住，並鼓動大眾反對大師，寺內一片喧嘩。大師看到這情況，心中歎息說：「這都是我重建佛教，太著相的過錯啊！」
正當大眾混亂時，大師獨坐在堂上，焚香誦《金剛經》，誦到佛說四見即非四見時，忽然大悟，即下筆寫了一篇《金剛決疑》。稿成時，大眾也寂鋒了，但這幾個奸僧卻上告到按院，按院准其辯明是非。
大師飄然出門到按院聽理，但困在芙蓉江病了二年，到了第三年七月才到郡縣。這時「直指按部」也到郡訪大師，因司理聽信奸僧的誣告，欲加罪於大師，「直指按部」出來反駁說：「大師大有功於六祖，他捨去了自己的一切來振興祖庭，現在奸僧反而得利，這難道是平等法門嗎？」司理只得下放本府嚴究。本府到了曹溪，調查了實際情況，瞭解到大師對常住財物絲毫無犯，本府重怒奸僧，要不是大師的解救，難免一死。
本府見大師如此高潔，再三請大師留住山中，但大師對修建叢林之事已生厭倦，因此力辭。大師把禪堂交付弟子懷遇掌管之後，自己一人飄然長往了。
大師離曹溪時有付弟子詩十絕，錄三首如下：
福田種子要深栽，
因果如臨明鏡台。
親到寶山千萬次，
這回不可又空回。
功德園林不可輕，
腳跟步步要分明。
莫教錯落隨他去，
免使盲人又夜行。
少小能存向上心，
毫芒終長到千尋。
只須歷盡冰霜苦，
姑得成材出郭林。
大師到南嶽時有留給嶺南弟子詩十絕，錄四首如下：
底事分明在己躬，
不須向外問窮通。
但能觸處回光照，
莫被塵勞困主公。
大道從來絕本真，
多因分別強疏親。
直須看破娘生面，
方是塵中特達人。
塵勞浪跡久和光，
只為拈提此事忙。
千尺釣竿幾斫盡，
海天回首更茫茫。
為法甯辭道路賒？
空雲瘴海是天涯。
頻將一點曹溪水，
灌溉西來五葉花。
