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佛教中所說的五毒，是指貪、嗔、痴、慢、疑。這五種心使我們造作惡業，就像毒藥會妨礙我們修行，故稱為五毒。清除五毒心是修行人的重要工作，修大神通或各種玄妙的大法，若五毒心尚存，結果可能會變成魔通或各種惡法，因此，要修佛道必先除五毒。
一、貪著的對治：
一為修不淨觀。比如走在路上，看到美麗女子而起希求心。此時應觀修，見自身他身，以及飛禽走獸、衣服飲食、山林樹木、國土世界悉皆不淨。當命終之後，身體漸漸地膨大，猶如吹滿風的皮囊，即「膨脹相」。後逐步現出「青瘀相」、「膿爛相」、「斷壞相」；復於這裡那裡為各野獸所食啖，名為「食殘相」；頭軀手足四散，是為「散亂相」；血液溢流滿地，是為 「血塗相」；又為諸蛆蟲散佈其上，是為「蟲聚相」；最後白骨畢現為「白骨相」。此觀發時，知如夢境般變化無常而不執著，故能破一切貪著之心。
一為修喜捨念。比如看到商店裡漂亮的首飾或皮包，心中會想：若是我的有多好。當貪著心產生時，對治的方法是轉念。我們馬上想說：願將這一切美妙的東西，供養佛菩薩，使其歡喜。同時可以發一個善願：希望這些東西能夠利益到很多眾生，讓眾生也歡喜。這樣轉念的觀想，好處很多。不僅能減輕執著，消除宿業，而且能夠積聚廣大的福德。
二、瞋恚的對治：
瞋恚者，應修慈悲、忍辱觀。例如國中常修理你的同學、辦公室欺負你的同事、騙你錢的金光黨等，當他們加害我們，我們應當思維對方之所以如此，應是我們過去世所造惡業之結果所致，不宜意圖報復。並將之種種，視為清除無明的逆增上緣。將障礙、折磨，都轉換為修行的方便。或可將這些障礙視為上師智慧的示現，當我們作如是修持時，惡業自然清凈，而痛苦也隨之消除。
更進一步了知，加害者本身亦為累劫惡業所累。作此傷害，更為其來世加深惡因。當作如是的觀察，大悲心乃隨之而昇起。若反而視之為敵欲予摧毀，則徒加深煩惱。應當誠心迴向功德，願諸魔類得慈悲心並親遇善法。願他們不自損損他，願菩提心深入他們的心中。
三、愚癡的對治：
愚癡為三毒中，最難破除，又為貪與瞋之根本也。愚癡人多不信解深法，心不得清淨。多與惡知識相隨，心沒懈怠，堅著五受。多行瞋恚，自高輕人。為妄想蔽覆，種種顛倒。造作罪業，長淪生死，如盲人獨行于黑夜之中，永不見日。
愚癡者，應修因緣觀。世間一切事物，皆從內因外緣而生。如種子為因，水土時節為緣，因緣湊合，種能生芽，從芽生葉，從葉生節，從節生莖，從莖生華，從華生實。
無種子，即不能生芽以至生實。無水土，種子亦不能生芽生實。時節未到，種子亦不能生芽以至生實。然種子決不念我能生芽，芽亦不念我從種子生，水土亦不言我能令種子生芽以至生實，時節亦不言我能令種子生芽以至生實。
可見凡物之生，了無自性。若有自性，即不應因緣湊合而生，因緣分散而死。我身亦然，前生之業為因，父母為緣，因緣湊合即生，因緣分散即死，生死流轉，不得稍住。如是常常觀察，自能豁破愚癡，發生智慧。是為對治愚癡修因緣觀。
四、我慢的對治：
面對稱揚讚嘆時，應思索自己若有一點點成就的話，亦均是來自三寶、師長、父母、社會。平常更應時時將自己，看作是有缺點過錯之人，心裏應當如是觀想：自己從無始以來到現在，每一天中，煩惱心皆如熊熊烈火般彌天漫地，焚燒了所有善業的妙樹，罪惡滔天的毒海洶湧澎湃，淹沒了通向解脫與佛果的大道。
如此下劣的我，每日裏各種煩惱惡業接連地湧現，長此以往，後世必然會下墮惡趣。哪裏還有像我這樣，渾噩、庸碌、無所事事、惡貫滿盈的人呢？若能經常如此內省自己的過失，那麼自相續中的貢高我慢、驕傲自滿的情緒就會崩潰瓦解，亦不會對他人產生出輕視與怠慢。
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五、疑忌的對治：
疑即不信，蓋信有六信：信事、信理、信自、信他、信因、信果。具足六信，方名具信也。若疑佛、疑法、疑僧，則修行了不得力。以念佛往生為例，如信願不足，或感邊地胎生。原因如下：
一者不信「不思議智」：疑但念阿彌陀佛，未必得生極樂。不知不思議智有大威力，非思量所能及。一切萬法無非自力他力。自攝他攝，千變萬化，無量無邊。安得以凡夫有礙之情識，疑彼如來無礙之妙法，豈知一面之鏡，能現萬像。千年積薪，一火燒盡。故至心一念稱名，能消八十億劫生死重罪。十念必生又何足異。
二者不信「不可稱智」：不了佛智體絕對待，離過絕非。曇鸞師曰：「不可稱智者，言佛智不可稱量，非相形待（不相對待）。何以言之？法若是有，必應有知有之智。法若是無，亦應有知無之智。諸法離於有無。故佛冥諸法，則智絕相待。以知取佛、以不知取佛、以非知非不知取佛、以非非知非非不知取佛，均非知佛。佛智離四句，即離百非，體離對待，故曰「不可稱智。」智不可稱，故念佛功德亦不可稱也。
三者不了「大乘廣智」：疑佛不能實度一切眾生，復疑一切念佛眾生豈能皆得往生淨土。故於阿彌陀佛作有量想。對治此疑，故言「大乘廣智」。此智無法不知，無煩惱不斷，無善不備，無眾生不度也。欲明佛智，無所運載。運載一切，皆入無餘，故曰大乘。其所運載，無限無際，故名廣智。又於諸法門知之窮盡，故名大乘廣智。故能廣契群機，悉皆度脫。如來大悲大智，於諸有緣，無不運載而入涅槃。開演是心作佛，是心是佛之妙義，令諸有情以念佛入無念，因往生證無生。故能令念佛眾生皆生淨土。又世界非有邊非無邊。亦絕四句。佛令眾生離此四句，名之為度。其實非度非不度，非盡非不盡。
四者不了「無等無倫最上勝智」：疑佛不得一切種智。疑是故，於念佛往生法門，不能正信，乃感胎生。如是佛智，只應仰信，不可比量，故名「無等無倫最上勝智」。如何仰信？應如《起信論》所云：「一切境界本來一心，離於想念。以眾生妄見境界，故心有分齊。以妄起想念，不稱法性，故不能決了。諸佛如來離於見相，無所不遍，心真實故，即是諸法之性。自體顯照一切妄法。有大智用，無量方便。隨諸眾生所應得解，皆能開示種種法義。是故得名一切種智。」。無所見故，無所不見，如是對治第四疑也。
