阿賴耶識，是具有微細分別的心識；而如來藏是眾生的佛性，遠離分別，不能與識混為一談。

    對於識與如來藏的關係，覺囊派一位大德曾以大海為喻：如來藏相當於大海的本體，阿賴耶識是大海的底層，而其他心識則是上面的波濤。動蕩的波濤，與相對平靜的海底，其實都是以大海為本體。同樣，所有心識的本體，就是如來藏。

——索達吉堪布