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唐中宗神龍元年，西元705年，惠能六十八歲，他在廣東曹溪寶林寺說法近三十年。中宗對他很推崇，除了賜他摩納袈裟及絹五百匹，還在廣東新州，今日新興縣之南，惠能故居龍山的山麓上，為他蓋一座報恩寺。這是惠能首次受到朝廷重視，聲名始傳中原。
高僧能預知自己的死期，提早一兩年為法脈、為圓寂做準備。在唐代，佛教開山的方丈會蓋塔來放置自己的真身，那麼惠能蓋塔安置自己真身，是選擇寶林寺？還是報恩寺？惠能圓寂於西元713年農曆八月三日，壽七十六。圓寂一年多前，即712年七月，他下令徒弟到新州報恩寺建塔，看來他選擇了報恩寺，他父母的墳都埋在寺後面。弟子們一想到正在建造的塔，就害怕師父真的離開人間，不願接受事實。要知道，徒弟對師父的依賴很深，因為追隨師父出家，放棄世間一切，修行靠師父、了生脫死更靠師父，所以不能想像沒有師父的出家生涯如何前進。
713年夏真身塔完工，七月八日惠能對當家弟子說：「快去安排到新州的船。」
由韶州南下到新州，要乘船由北江，轉西江，再轉新興江。他出家弟子大都住在寶林寺，一聽師父要去新州，兩百多人把方丈寮擠爆了，全都垂淚。惠能說：「佛陀在世上多年，也要涅槃的。有來必有去。我的形骸也一定有個去處。」
弟子們聽不進去，搶著說：「師父去新州，要快快回來。」
弟子都想，他們要勸師父駐世，要把師父勸回寶林寺，所以一大堆人跟去新州，人多到乘十幾艘船。到了報恩寺惠能在法堂對弟子說法，解答他們修行上的問題，還安排後事，明示法衣不再傳。惠能又說：「你們要小心，我滅後會有人要取我人頭。」
八月三日晚上在報恩寺禪堂，十大弟子陪著惠能一同打坐，午夜他們聽見師父說：「我走了。」弟子睜開眼，惠能已經坐化，面帶微笑。他們都聞到異香滿堂，寺外東岩傳來上千隻鳥的哀鳴。弟子們把惠能的真身放入神龕中的瓦缸裡，並封了龕。
十一月初舉行真身入塔大典，由報恩寺的新方丈，惠能的弟子志誠，主持典禮，並邀請新州刺史、新州各寺住持、全州各地居士來觀禮，冠蓋雲集。忽然寺門出現兩百多人，是由韶州南下的僧俗眾，包括寶林寺新方丈，即惠能的大弟子法海、韶州刺史韋璩及其屬下、廣州府官員，以及出家、在家眾。志誠還以為他們來觀禮，哪知法海見面就說：「誠方丈，我們是來接師父回寶林寺。」
兩寺人馬在佛殿前的廣場相持不下。最後志誠和法海請師父決定，他們兩人在案上銅爐各上三炷香，兩股香煙裊裊直線上升，忽然兩股煙匯成一縷，直貫向東北韶州的方向。六祖惠能為什麼改變了主意？是他的神識感應到寶林寺的能量較強？十一月十三日，寶林寺僧俗眾把惠能真身迎回韶州。惠能的決定很對，寶林寺近大庾嶺驛道，方便中原人士來參拜，香火鼎盛一千多年。
一年後714年，惠能的真身在寶林寺出龕，果然遺體不壞。因為惠能曾預言未來有人盜頭，弟子才辯巧匠出身，用鐵葉和漆布固護真身的頸部，全身塗泥和漆後，置真身入塔中的神龕。
開元二十七年，西元739年，惠能圓寂後二十六年一個深夜，寶林寺禪堂有八位年輕的僧人在練不倒單，忽然他們聽見鏗鏗金屬相碰聲，猶如他們練武時戒刀撞擊的聲音，靜坐中聽覺特別敏銳，由六祖真身塔那裡傳來。他們追去，月光下有一個穿麻衣的人持刀往山下奔去。在塔前的石地上六祖真身背著地，脖子下還墊了石頭，但是真身無恙。
一千兩百多年過去了。1966年的秋天，韶關城的大街上，一個穿軍服、戴紅臂章、十三、四歲的紅衛兵，推著手推車前進，後面跟著兩百多個紅衛兵，他們震天價響地大呼：「壞蛋！」「是假的！」「要鬥！」
手推車上放著六祖的真身，皮膚褐色，面目栩栩如生，身披袈裟。路兩邊圍觀的人也大喊：「騙人的！」「要燒掉！」
紅衛兵把真身運回南華寺（即寶林寺）的大雄寶殿。他們剝掉真身的衣服，用鐵棒在胸上打了碗口大的洞，將五臟六腑掏出來丟在大殿地上，肋骨、脊梁也丟滿地。口中還叫：「是假的！」「是豬骨頭！」
那天半夜一個瘦小的僧人偷偷溜入大雄寶殿，走路一拐一拐的，他是四十四歲的佛源，曾任雲門寺住持，是虛雲的弟子。1958年佛源被劃為右派，鬥得半死，全身是傷。他拿著個麻袋，在地上摸索著收集六祖的遺骨，一面收一面哭。他把遺骨放在一個大瓦罐中，悄悄埋在寺後山九龍井旁的大樹下。
十三年後1980年，文化大革命成為過去，佛源赴北京向趙樸初報告這件事，趙樸初寫信給廣東省省長習仲勳，才由省政府下令復原六祖真身。佛源取出靈骨時，肋骨、脊骨已經發黴，他用木炭把靈骨烘乾，把脊骨、肋骨黏在一塊檀香木上，放入真身的胸腔。把六祖的內臟烘乾成末，跟檀香末混合塑形後，置入胸內。佛源說：「我親眼見到六祖靈骨千二百多年後，仍是金黃色，堅硬如金，分量也沉重如金。」
以上材料見《佛源老和尚法匯》一書中的〈自述傳略〉。2007年七月我在香港的願炯法師引介下，到韶關乳源縣雲門寺親訪八十五歲的佛源方丈，他身體虛弱得像落葉，精神卻堅強如百煉鋼。我把這次跟佛源方丈參禪的經驗發展成小說〈禪機〉。願炯還帶我去南華寺的六祖殿參拜真身。六祖在神龕中，臉深褐色，是塗了漆的緣故，身著黃色法衣，朱色袈裟，雙目低垂，厚重慈祥，殿中瀰漫一片祥和。
