許多人認為藥師佛就像是某種醫生，而念誦藥師佛的咒語就可以消除自己的疾病，或是消除他人的疾病——如果自身是治療師的話。然而，我們必須瞭解藥師佛之所以稱為藥師佛的真正涵義。

法王解釋，在西藏醫學起源的《醫學四續》中，談到疾病的直接原因(近因)和根本原因(遠因)：「產生疾病的根本原因是貪、瞋、痴三毒。藥師佛之所以稱為藥師佛的原因是，生理的疾病可以被世間的醫生所醫治，但是疾病的根本原因必須要有某種特別，甚至是無上的心藥來醫治。」「從來無此一說：修持佛法可以醫治所有生理的疾病，或是解決我們所有的問題。雖然有些生理疾病可以醫治，而有些則不行，但我們至少還能認出生理的病症為疾病。然而，我們通常認不出貪、瞋、痴三毒就是根本的心理疾病。因此，佛法的目的之一，就是要指出這些也是疾病的一種形式。」

法王說明，修持藥師佛的目的有二：它可以幫助我們認出自己的心理疾病，並且運用適當的對治；它也可以幫助我們認出在他人身上的心理疾病，因此對他人更具慈愛和同情。

「我們的三毒不只像疾病，它們也像惡魔。如果我們瞭解自己的三毒，以及三毒如何影響攪擾我們，那麼當我們看見他人因三毒深重而變得極度忿怒或嫉妒時，我們就能明白他們如何變成那樣。由於無法控制自己的三毒，因此他們好像有點精神失常。所以，修持藥師佛的另一個好處是：當我們看到為煩惱所苦的眾生時，我們更容易對他們生起同理心，對他們更加關愛。

第十七世大寶法王 噶瑪巴 鄔金欽列多傑