調查局特藏室珍藏的中共特殊史料中，包括中共總書記習近平父親習仲勳，當年擔任陝甘寧邊防軍政委時，以中華民國國銜發布嚴禁流通國民政府「法幣」佈告，當年蒐報的中統局特工，還以筆墨註記「咱們注意保存為要」。另前中共領導人毛澤東寫給「西行漫畫」作者陳叔亮的書序，堪稱毛在台唯一墨跡。

調查局兩岸處官員指出，當年國民政府以中央、中國、交通、農民四大銀行發行鈔票，稱為法幣，對日抗戰期間，中共控制陝西、甘肅、寧夏等邊區，以抗日財政需要，自辦邊區銀行，發行「邊幣」，公告嚴禁法幣，但中共卻在民間蒐刮法幣套匯，影響當時金融秩序。

當時國民政府獲報中共在邊區種罌粟，製鴉片販售籌措財源、蒐刮法幣，派中統局煙毒檢查團團長「路錫祉」赴邊區調查，調查報告指中共在全國236個縣市種鴉片，面積達數十萬公頃，並以麥田掩護種植，派武裝人員駐守。

另中統局人員還潛伏邊區監聽中共廣播，彙整30多本「延安廣播紀要」，內容多為詆毀國民政府、攻訐「美帝」、宣傳對日勝仗，兩岸處官員形容廣播內容堪稱是「假訊息」鼻祖，這批手抄譯本亦為監聽譯文起源。

特藏室也收藏毛澤東親筆詩詞，是當年他寫給描述中共2萬5000里長征之「西行漫畫」作者陳叔亮的書序，調查局特別將毛的墨跡與中共國際派領導人陳紹禹（王明）另篇書序並列，當年陳、毛分別是中共國際派、本土派領導人，因路線不同，彼此鬥爭，後來陳紹禹失勢於蘇聯病逝。陳叔亮後人曾到特藏室參觀，只知父親生前曾提及毛親撰書序一事，卻不知陳紹禹也曾提筆為父作序。

特藏室史料還包括，當年中共18集團軍楊成武部共產黨支部書記李法卿，遭國軍俘虜策反後，講述18集團軍出發抗戰時，毛澤東對該軍訓讀中指示「中日戰爭為本黨（共黨）發展之絕好機會，以七分發展，二分應付（對國民黨），一分抗日作為決策，此項決策在實施時，可分為「妥協、相持、反攻」3個階段，該史料徹底「打臉」大陸一堆火紅的「抗日神劇」。