宗薩欽哲仁波切：
依照某些密續，整個外在世界，日月等等，也存在我們身內，好像一切外在事物都有內在的對應（難道宇宙是我們串習的產物或者是某些微細物的粗重相？）。例如，明點與血液相當於內在的日月。色即是心（心在這裡代表什麼？大乘的萬法唯心見與金剛乘串習變得粗重的見地有什麼不同？你認為是哪個呢？），內在不但有外界粗重的形相，還有字母。
喚醒沉睡的佛 第五章 密續的科學
大司徒仁波切著作
第五章 密續的科學
密續科學很難界定，從某個觀點而言，密續科學包含了一切的事物。從另一個角度，科學應該只包含用科學方法所從事的活動。普遍的觀念，認為佛教是所有宗教中最科學的一個。原因是我們可以從佛法當中找到任何世間現象、精神現象的答案。佛陀鼓勵追隨者提問題。檢驗佛法。他說，若有懷疑就要提出問題，不要因為我這樣說你們就信以為真，然而，佛法本身是真的，最好是由你們自己去發現真理，你們可以透過問問題，探索自己，去找答案。因為佛法強調它是可驗證的真理，所以它被認為是科學。不僅如此，藏傳佛教還講解殊勝的生命科學，每個內容都與通往證悟之路扣連。知識可分作十類，五種普通知識及五種特殊的知識。密續科學屬於五種特殊知識之一，密續科學包括了醫學。數學及星象天文學。每個向度都有崇高的目的，即是助人。
科學出現在經藏中，也出現在密續裡，怫陀的法教整體而言，是一種科學的法教。不僅限於密續，佛法是次第分明，很有系統的。密續更講究次第分明，以便各個主題能更清楚的被理解，這也是密績科學這個名稱還頗適切的緣故。科學，依佛法來說，就是井然有序的講解事物的法則，而且詳細的解釋及回答可能產生的所有疑問。真理的認定，不是由於信心，而是要有完整、有效的證據，真理是可被檢驗的。佛陀在證悟後弘法超過四十五年，他的每個教授都是符合科學的。
人們常常昧於怫法是科學的這個事實，即使是有佛學底子的人，包括東方人亦然。由於缺乏理解，人們認為佛法不科學，這就像說太陽沒有熱度一樣。所有的佛教徒，都應瞭解佛法是很科學的，這是很重要的。許多人是佛教徒出身，但他尊敬科學家的發現，甚於尊重佛陀的言語。然而，許多的科學家卻尊敬佛法。在科學家愛因斯坦的筆下，可以找到佛法思想的影子。相對論的理論，就是佛法的論點。佛教徒們有幸生於佛法之家，能瞭解他們宗教中的實用價值，是件好事。
密續科學涵蓋的範疇無數，在一個章節裡，我們只能討論有限的主題。密續科學，從以科學方法去探討心靈。理解心靈的細微處，到研究基礎物理科學，都是它探討的範圍。物理科學本身就是個相當大的主題，所以我們最好透過人類的身體來瞭解，再擴及整個宇宙。佛陀教授有關人類身體的科學多次，他在阿昆達磨藏裡講授這些，在經藏裡也出現多次，而密續裡則到處都是。四大類的佛陀法教——律部、阿昆達磨部、經部、密續——都含有物理科學的教授。阿昆達磨部解釋得最簡單，經部討論的更進階，密續則作詳細的討論，且在密續裡回答了最後的問題。所以，有基礎教授、進階教授及完結地教授。佛陀在三階段的教授裡，都指出人類的身體是個體心靈的家，他是這樣描述的，沒有心靈則身體如死屍。不論身體的狀況多麼良好，只要沒有心靈，就仍是個死的身體。身體只有與心靈結合在一起時，身體才是活的，心住在身內，透過身來運轉。
身體可以分成是各類器官的組合：五臟，如心臟；六腑，如胃。再加上骨骼、神經、循環系統，然後與三種平衡物質一起運作。這三種物質可以譯作膽汁，以黃色代表之；黏稠液（痰涎），以白色表之；及風，風帶動身體內的循環。當這些元素平衡時，我們身體健康；當它們失去平衡時，我們生病。這些因素不但影響我們的身體，也影響我們的心靈。
當身體的各個系統平衡時，心靈有個很好的家。另外還有一個更精緻的系統，與心靈健康有關，它們運行於前面描述的身體之內。此系統是由許多經脈所組成，透過這些脈絡，生命力及物質在體內穿流。能量與物質在中脈內一同工作，細的脈絡再由中脈分散出去，控制身體的微細功能。
如前所述，當心靈進入第一階段的液態身時，一切的運作由此開始，心靈伴隨著物質，生命體的孕育也在這時產生。我們過去世累積的業力之風，推動這一切的運轉。由於貪、嗔、癡和其他的染污，我們造就了再生的因。這是佛法生物科學的開始，由於業的力量，物質成形。液態身、心靈的細微本質，與業的力量——三者一起——啟動了一個新的生命。由於這些力量及物質，脈漸漸成形，當脈發展完成，能量就進到脈裡面去。當各個脈及體內的各器官都發展完成時，嬰兒誕生。脈絡在出生之後直到成人，都還會再生長及發展。當身體完全成熟時，脈才停止發展。當身體漸漸老化時，脈也會受年齡的影響而老化。
人體有三條重要的脈，左脈、中脈及右脈。右脈主要有十個分支，左脈則有十四個主要分支。心臟處有五個分支，稱為五秘密支，這五支是很重要的脈。包括三個主脈在內，人體共有三十二條脈。這三十二條脈又形成了六個主要的能量中心，即脈輪。這六個脈輪，一在頭頂之上，二在頭頂，第三個在喉，第四個在，）第五個在臍，第六個在臍下。每個脈輪處，都再有支絡伸向身體各處，達到每個肢體末端的毛孔。分支數目在密續裡都有很詳細的記載。在現階段我們不需要知道那麼詳細，因為沒有太大的用途，這裡只作概括的介紹。
體內還有五種主要的能量，幫助身體功能的運作。第一類是代謝、排泄的能量，這種力量可以處理體內的廢物，使頭髮及指甲生長，死的細胞被分解、排除，及其他的代謝。第二類力量是使物質結合，就讓水分子能聚合泥土，協助體內的其他元素，鞏固其外型。第三類能量是熱力，它對於消化很重要，並使各部份能運轉。存活，保持身體健康，減緩身體老化。壓力是第四種能量，此能量作用力強，又被稱作抗地心引力的力量。它確保腦內血液供應充足，即使是我們正立的時候；當我們倒立以頭觸地時，血液也能循環到腳。最後第五種能量稱作「遍佈力」，是平衡力或分散力，它幫助物質運送到身體的各個部份，並且是在適當的時間送到，送到的量適切。
與五種主要能量相似的另一個作用力是「氣] （air），與呼吸作用關係密切，氣在脈裡面運行，攜帶養分及各種微細的物質成份到達身體的各個末端，即是每個毛孔都在呼吸。禪坐就是運用呼吸及正確的身體姿勢，依密犢科學而修持的法門，治療各種心靈方面的干擾。運用五種氣的運行及禪坐姿勢，融合而行，我們一定可以透過貢修而經驗到密續科學的運作。
教禪修的第一步，都是先介紹正確的坐姿，正確的姿勢有助於能量在脈內流暢運行，坐法正確是使心靈平衡的第一步。當你禪坐時，坐姿正確的好處非常重要。禪坐的坐姿通常以七支坐法為準則，但在此處因對應到五能量。五氣的關係，我們強調禪坐的五個重點。
呼吸是為了幫助能量的循環，呼吸也可以分作五個向度來談，以對應到五種氣。體內的氣需時時更新，所以呼吸是持續更新體內氣的歷程，至少正確呼吸時是如此。空氣亦是提供我們身體養分的來源之一，我們從宇宙中不停地攝取它。
正確的坐姿是兩腳雙盤坐在地板上的墊子或蒲團上，雙手結在一起，放在小腹前，背脊豎直，下顎微收，眼睛是半張的，不是睜大也不是閉著，有許多佛像的眼睛就是這樣半張的。以上是身體的五個坐姿，是禪坐的正確坐姿。
五氣像是五種能量。第一種氣，管代謝及排泄，它幫助體內氣的運行，當我們以雙盤坐姿打坐時，此「代謝氣〕會進入中脈。
第二種氣可以稱為「水氣」。當我們雙手結在一起時，右手在上左手在卜輕鬆的放在小腹前，如此有助於水氣運行週身，水氣可凝聚其他的氣，共同運行。就像水將土壤凝聚，形成如黏土一般，水氣以同樣的方式，凝聚其他諸氣於體內運行，所以，雙手結印可使水氣進入中脈，並幫助中脈的平衡。
坐姿的第三個要點是背脊豎直，如此可以使「地氣」集中。地氣是種穩定氣，像是其他各氣的地基一樣。地氣是氣的固態，當背脊豎直時，有助於地氣的平衡，肩膀平衡也有助於地氣的平衡。
「火氣〕可使身體保持溫暖。有活力，而不會支離破碎。當我們死亡時，火氣瓦解使身體亦不再凝聚。火氣同時是體內物質循環的能量來源。下顎微收，即頸部稍向下彎低，可以幫助火氣的運行，及進入中脈。
「風氣」是氣的動態，風氣使氣在體內能夠運行，眼睛半張，舌頭抵上顎，可以幫助風氣進入中脈。當所有的姿勢都正確了，五氣各依自己的性質達平衡，在體內有效的運行。以這樣的方法介紹禪坐，看來似乎有點神秘，但在密續——例如：《喜金剛密續》——就是這麼清楚地記載在經文當中，並有完整的解釋。
迷惑。神經質，或是嚴重的精神困擾，都是因為五種能量或五氣不平衡的緣故。與五能量、五氣相對應的還有五種染污：貪、嗔、癡、慢、妒。代謝氣與妒嫉有關，地氣與無明有關，水氣與嗔心有關，火氣與貪執或慾望有關，而風氣與傲慢。我執有關。所有的眾生都有這五種染污，只是染污的輕重程度不同而已，因此我們必須對治它們，使它們保持在平衡的狀態。
密續科學提供了特殊的方法，來使這些染污能維持平衡，使染污變成是求證悟的工具，而不是變得更糟的絆腳石。以正確的坐姿及正確的呼吸方式禪坐，只是其中的一種方法。使染污維持在平衡狀態，可使我們的身體及心理都維持平衡。未證悟前，我們多少都會有染污，所以知道平衡染污的方法，對我們有關鍵性的幫忙。當任何一種染污增長時，我們將因之受苦，不平衡的後果有輕有重，我們可能會感到一時迷惑，習慣性的神經質，或嚴重的心理疾病。透過禪修，以一種有益的坐姿坐一段時間，將可使我們的心變得安定。這是獲得心理健康。維持心理健康的第一步。
基本物質可以分為兩類，第一類是純粹的宇宙物質，第二類則是由我們吃、喝。呼吸所產生的物質。宇宙物質是身體系統最重要的組成元素，而我們環境中的第二類物質的養料是它的強化物。這些基本物質使我們的感官能夠運作，每個感官都有其特殊的物質來滋養它。眼睛的基本物質，藏文稱為「龍波]（lung po），眼珠是此物質的集中處。食物、空氣、水，可以使我們身體獲得它們各自所需的營養，而使身體健康。強壯。依據密續，如果我們吃有營養的東西，那麼七天之後，這些營養物質會成為我們身體的一部份，這也是為什麼地球上的植物、礦物、動物、能夠用來治療我們的身體了。
「擦龍] （ tsa lung）是淨化環境因子的一個強有力的方法，「它也是一種禪修的方法，可以幫助我們去除當下的障礙。[擦龍」是個重要且有力的修持法門，但是這個法門修起來相當危險，所以一般並不教授。它之所以危險，是因為它很有效用，它也是個很殊勝的法門。如果身體內每件事都做對了，智慧自然會產生，因為遇到所有的情境，，心靈都必須透過它——身體——才能發揮功能，免於種種的障礙，如此智慧才得以發展。假如，身體修持錯誤，則可能造成嚴重的殘障，個體將無法再像從前一樣的正常運作。當然，每侗地方都要做對並不容易，所以，在嘗試修習這些進階法門之前，基礎戒律的修持，以及對佛法深刻的理解，是相當重要的。
否則，情況就會像一個不熟練的電匠，要修理電路，他很想修好它，但他不懂電路，所以修理之後，要開客廳的燈，結果廚房的燈亮了；要開廚房的燈，結果啟動了冷氣機，修行若是如此，則不僅會損壞物品，甚至你自己都有可能觸電。身體機能的運作非常的細膩，假使你做特殊的修習，而沒有正確的指導及動機，且無百分之百的知識及理解，那麼你將會為自己帶來很大的麻煩。只要其中一步錯了，那就全部都錯了。首先，你保證會發瘋，你甚至連自己瘋了都不知道，因為你的自我膨脹得太大，你會以為自己是完全沒問題的。每個人見到你都認為你瘋了，而你卻覺得「他們」都瘋了，所以你會變得無法理喻。所以，像本書這類的書，是不宜詳述這類修持法門的，略提一下巳足夠，提供各位一些資訊罷了。
佛陀對於宇宙科學這個主題，有漂亮精闢的解釋。他說整個宇宙是每位眾生個人業力的反映，這也使得宇宙成為每個眾生的家。心以身為家，身以宇宙為家，宇宙也有一個家，那就是虛空。密續裡是這樣描述的。
五種元素構成一切相對的存在的物質——地。水。火、風、虛空（提供基礎）。這些元素形成了存在（事物）的各個單位。密續科學認為這五種元素的共同運作，形成了宇宙。它們可以形成如銀河系一般，也可以摧毀它們，這些元素可以摧毀宇宙自身，五種元素同時具備創造力與破壞力。
當這些元素結合時，形成無盡虛空中的無數個宇宙，一個「三千大千〕是指百億個銀河系。密續教授虛空中充滿了無數的[三千大千]個宇宙，一個〔三千大千」的宇宙，只是虛空中的一個小點，虛空是無邊無際的，雖然你找不到虛空的盡頭，但是佛陀說，你可以找到虛空的中心。
不論你身在何處，你在的位置就是所有宇宙的中心，此生你生在地球成為人類的一員，下輩子你可能以不同的形體生在遙遠的太空之中。但中心永遠在「這裡〕，即你的出生地。
佛陀在宇宙科學裡，講解宇宙及地球如何形成，以及將如何毀滅。他說地球將毀於太陽，太陽的熱力會增加到現在的七倍，那時地球就會毀滅。佛陀說，當太陽的熱度達到現在的兩倍時，現有的地球生物大多會滅亡，許多植物不復存在，許多河流亦將乾涸。佛陀說，當太陽溫度是現在的三倍時，水就沒有了，像我們人類這樣的身體，需要水的生物，也不復存在，人類及我們知道的所有動物也都不存在了。再過一段時間，地球也會熔化，最後成為太陽的一部份。這是佛陀所做的開示，記載在典籍當中，不過，整個過程需要很長的時間，它不會突然發生，所以我們此刻不必擔心。佛陀甚至很清楚的計算出，要經過幾百萬個世紀，太陽才會逐漸變得更熱，使毀滅的歷程漸漸進展，像我們這種形態的生命在其問會逐漸減少，到最後消失。
治療的科學
治療科學是密續科學一個特別的分支，它運用了生命的物理科學及宇宙的物理科學。佛法告訴我們，疾病存在是療法也存在的證據。一種疾病不可能單獨存在，而沒有相應的治療方法，因為，在我們相對地。二元的真實裡，沒有任何事物，可以沒有相對的另一面而獨存，醫療密續傳說是由佛陀化現為藥師佛而教授的。醫療密犢是學習西藏醫學必備的基礎。它是佛法的醫學，是符合佛法的科學原理的。
醫學的原理很簡單，基本的思想是讓身體與地球。身體與地球的環境，維持平衡。身體只能活在像地球這樣的環境裡，若被放在完全不同的環境中，諸如外太空或月球，身體在沒有保護設施的條件下，將無法存活。治療身體的治療之方，就是取自身體所在的自然環境中。藥材可以取自樹根、葉子。樹幹。花。果。礦物，或取自其他的生物。所有的東西都有藥的成份，可以對治危害身體的毒素，但也有危害身體健康的副作用。
佛法的治療方法，運用藥物，也應用地、水、火、風、重力等元素。以治療血液的疾病為例，藥物將壤血逼到身體的某處——體內藏血之官，然後再打開藏血之官，以重力導引法，釋出壤血。這是一種使與宇宙的基本法則達到和諧狀態的治療方法。
佛法醫學，還用到數學及星象天文學，因為有些藥只適合在某個時間由某個人使用。這是個別治療時，選用最佳方法的一種治療方式。
常用的診斷方法，是檢驗脈搏及尿液，分析技術之高明，甚至可以經由把某人的脈搏，而知道他的親戚的健康狀況。這是種非常先進的技術。很少有醫生可以做到——它是個特別的天賦——這類的診斷法，稱為「神奇七診法〕。由父母親，來診斷小孩的健康是其中的一種。雖然這類的事在佛法典籍都清楚記載，但需耗費數年時間去研究、理解、應用，才能成為一位良醫。
數學
數學科學在密續裡，是由文殊師利尊者所教授的，他是智慧菩薩，他曾在今日中國的五台山講授數學科學。在金剛乘裡數學與星象天文是一起修習的，兩者都是很高階的學問，粗略而言有兩個領域，一是純粹的數學，另一則為宇宙能量的數學運算。
純粹的數學，包括一些計算的技巧，有些計算也相當地複雜。文殊師利菩薩說，數學可以無止境的發展，但基本的運算只有0到9的數字，運算到六十位數。
數學也用來計算星球運行的軌道，以及星球的陰影。西藏的曆法就是這樣計算出來的。書上這樣寫道，如果你要計算一天的完整的日曆，那麼你將永遠算不完。有大多的東西可以計算了，即使只是用一些數字，也可以拿來算。藏歷的每個格子裡的每個數字，都代表宇宙運轉的某個特殊的方位，許多不同的圖像進入各個方位之中。年的循環，有十二年一週期，也有六十年一週期，都包括在內，再加上各元素及黃道面。除此之外，不同的日、月，有不同的動物作象徵，然後，再對應到不同的元素。
計算個人整個的星象，我們可以繪圖表來計算，這時連父母、祖父母的生辰都被納入計算。生辰可以決定個體一生的活動，不過，這並非是由外在影響力來決定生辰的。一個人在特定的時辰、特定的環境裡誕生，是決定於他自己的業力因緣。這是他必須一輩子生活其中的（磁）場。占星學還可以幫忙人們知道一生中的要事，幫助人們以最佳的方式去處理自己的缺點及問題。
占星學最常用的時機是建廟的時候，諸如指示何時破土為宜；何人來做為佳；寺廟座落的方位等等。占星學也被用於事業的擇日——如閉關應從哪天開始，利益最大、最有效，關房哪一間較合適，朝哪個方向比較好等等。占星天文學及數學，可以正確的判斷任何一刻的時間，宇宙現象如何的互動。此科學能幫助我們安頓外緣，以支援內在的活動，但如果你過度倚賴占星學，你可能會變得神經兮兮，害怕得不敢做任何事，所有這類科學都有它的限制，我們應以一顆持平的心來看待它們。
心靈科學
心靈科學是佛法的主要議題。律部。經部。密續都以各種形式來探討心靈科學。心靈科學關心如何瞭解心理。掌握心靈，及增進心靈層次，以達心靈潛能的究竟。心靈科學的運用，開始於生命予我們的任何情境，生命中的所有事件，提供了有養分的土壤，因為我們此生所遭遇的種種因緣，對於無始以來相同的那顆心靈而言，都是獨一無二的經驗，這顆相同的心靈，曾住在許多不同的身體裡面。那是一顆發展中的心靈，此生顯示了這顆心靈的發展層次。此生所發生的種種事情，都與我們過去生有關，過去世我們曾經是人類。是鳥、是貓。是魚、是青蛙，或是六道中異於人道與畜生道的眾生。我們過去曾有百萬生，它們的結果就在這裡，在我們自己此刻的身上。發生在我們身上的任何事的因緣，都是源自同一個心靈，是它們累積的業。業力成熟於不同的身體，不見得是同一個身體，或同一個六道的身體。我們能夠確定的是，不管我們生在哪裡，業力必然也跟到哪裡，就像身體和它的影子一樣形影不離。心靈之因、緣、果的核心是二元對立，由喜歡和不喜歡發展出二元對立，再轉為貪慾及執著、攻擊與嗔恨。很自然的會再形成妒嫉及驕做。希望和害怕。佛陀在阿昆達磨藏裡特別仔細分析了思考的種種類型，及心靈的各個面向。他描述了五十一種主要的思考型態，這五十一種型態又可以組合，而形成更多其他的型態。佛陀也教導了矯正心靈不平衡、負面心靈的方法。其中有個方法，前面已討論過，即是禪修法。
任何事皆是導引至證悟的一個歷程，直到證悟為止，心理的運作會影響身體的狀況。顯然地，舒服不舒服。喜歡不喜歡，以及貪執或生氣都是心理的活動。有些東西，你可能今天很喜歡，明天就膩了，或甚至討厭它。東西未變，變的是你對它的態度。某人也可能喜歡你不喜歡的，這是心理的作用，影響我們對事實的判斷。但這些都是過程，這些過程引導我們去證悟，使本具的佛性一步步的開顯，這就是所有密續科學的目的及最後的結果。
